Linux基础101问:Linux中各种奇怪的符号|第7期下
- 2026-09-09 17:01:34
Linux基础101问:Linux中各种奇怪的符号|第7期下Shell 通配符用于模式匹配文件名。常见用法包括： 字符集匹配： 在处理多样本数据时，通配符通常用于批处理脚本：
在生信处理中，可组合多个步骤的输出写入报告：
也常用于处理包含特殊字符的路径或变量。
Shell 提供两种基本类型的引号。 单引号 ’ ‘ 会禁止变量替换： 双引号 可能会得到：/home/yourname，而不是“$HOME”这几个字符 在过滤表达式中常使用单引号以防止 Shell 提前解析比较符号：
当命令过长时，可使用反斜杠在视觉上分行：
下面展示一个由多个符号组成的完整命令：
目标是解压 FASTQ、过滤掉以 对目录下所有 FASTQ 文件运行 FastQC，并将标准输出和错误输出记录到对应日志文件，同时所有任务需后台运行： 分析如下命令的作用： 下面的教程会频繁用到这些符号，特别是管道符，一定要好好看这两期的内容哦 有任何问题/感兴趣的小伙伴欢迎添加小助手微信（SDbioinfo_2023），加入交流群，我们一起学会Linux！SDbioinfo 作者：刘鑫鹏（哥本哈根大学） 编辑：黎琛 排版：刘宇昂 
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七、通配符：(glob)：*、？、[]
* 匹配任意数量的字符：ls *.fastq.gz ?匹配单个字符：ls sample?.bam ls sample_[12].fastq.gz for f in *.fastq.gz; do echo "Processing $f" done 八、分组命令：{ }
花括号可将一组命令作为整体进行重定向或逻辑控制。注意 {后需留空格：
{ echo "Header"; echo "Body";} > out.txt
{ echo "Sample QC:"; fastqc sample.fastq.gz;} > qc_report.txt
九、转义符：\
反斜杠用于移除字符的特殊含义。这在latex中也会用到很多，例如：
echo "Price is \$20" 十、引号的作用：’ ‘与“ “
echo '$HOME' " "会保留变量替换：echo "$HOME"
bcftools view -i 'QUAL > 30' 十一、反斜杠换行符：\
bwa mem \ -t 8 \ ref.fa R1.fq R2.fq \ > aln.sam 这种写法在运行 GATK 等长命令时非常常见。
十二、生信数据处理中的综合示例
zcat sample.fastq.gz \ | fastp -i - -o clean.fastq \ 2> fastp.log \ && echo "QC done" \ & 该命令通过管道将解压的 FASTQ 直接传给 fastp，同时将错误输出写入日志。在 fastp 成功后输出提示信息，并将整个任务放入后台执行。
十三、综合练习题（含参考答案框架）
练习 1
@H 开头的 header、统计剩余行数，并分别保存标准输出与错误输出。参考命令如下：zcat reads.fastq.gz \ | grep -v '^@H' \ | wc -l > count.txt \ 2> err.txt
练习 2
for f in *.fastq.gz; do fastqc "$f" >> stdout.log 2>> stderr.log &done
练习 3
(bcftools view -i 'DP>10 && QUAL>30' input.vcf || echo "filter failed") \ > filtered.vcf 2> log.txt 该命令在子 Shell 中运行过滤操作；若过滤失败，则输出提示信息。随后将标准输出写入filtered.vcf，并将标准错误写入log.txt。
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