开源R包ggPlantmap，旨在助力用户基于植物图像生成信息丰富的ggplot图谱，进而探索细胞类型特异性定量数据。与外部定量数据结合时，该包可用于可视化呈现植物不同部位/细胞中的空间分布特征。包中内置了一系列基于已发表植物图像创建的预加载图谱，这些图谱可直接嵌入ggplot编程流程。ggPlantmap支持用户将基因表达的热图特征或任何空间定量数据绘制到植物图像上，提供了可定制、可扩展的平台，用于可视化和分析特定植物区域内的空间定量模式。该包借助知名R包ggplot2的灵活性，让用户能够根据自身特定研究问题定制图谱。
# 安装devtools（若尚未安装）install.packages("devtools")library(devtools)# 从GitHub仓库安装ggPlantmapinstall_github("leonardojo/ggPlantmap")
实操指南介绍如何使用ggPlantmap探索单细胞数据https://github.com/leonardojo/ggPlantmap/blob/main/guides/guide_practical_sc.mdhttps://github.com/leonardojo/ggPlantmap/blob/main/guides/ggPlantmap.userguide.mdhttps://www.youtube.com/watch?v=TD5m5-CbWTw&t=1402s分步指南，附上创建自定义ggPlantmap的实用技巧https://github.com/leonardojo/ggPlantmap/blob/main/guides/TutorialforXMLfile.pdf
说明介绍了如何新创建的ggPlantmap纳入该包中https://github.com/leonardojo/ggPlantmap/blob/main/guides/contributetoggPlantmap.md
什么是ggPlantmap？
每个独特的ggPlantmap都是个tibble数据框对象，包含从植物图像中提取的多边形感兴趣区域（ROIs）特定点位的坐标（x,y）。# 加载ggPlantmap包并查看示例数据library(ggPlantmap)head(ggPm.At.roottip.longitudinal)# A tibble: 6 × 7
可通过ggPlantmap.plot()函数轻松绘制# 绘制ggPlantmap图谱library(ggPlantmap)ggPlantmap.plot(ggPm.At.earlyembryogenesis.devseries,Cell)
ggPlantmap.plot(ggPm.At.roottip.longitudinal,Level1)
该包内置了一系列基于已发表植物图像创建的预加载ggPlantmap图谱。能在植物研究领域社群的贡献下持续更新这个包。ggPm.summary# A tibble: 16 × 9
https://github.com/leonardojo/ggPlantmap
