Python学习空间转录组的最佳顺序
- 2026-03-08 18:41:47
Python学习空间转录组的最佳顺序
我们已经分享了R语言单细胞学习路线，本推送也回答一个常见问题：“我要学空间转录组，应该按照什么顺序开展学习？”。以下是我们打磨了数月的课程学习顺序及python空转的最佳学习路线： 
1、理论课程：包含生物信息学、高通量测序、单细胞和空转建库原理及流程介绍。 2、编程基础：首选不推荐用自己的电脑做生信，学好Linux、生信Python速查手册 3、定量分析(可选)：很多同学拿到的都是定量后的矩阵，但是我们也给大家介绍了Cellranger、SAW、Space Ranger和SeekSpaceTools等软件的定量分析。 4、基础分析（Scanpy和Squidpy分析）：空间转录组数据基础分析手册可以说是空间转录组的核心、是基于最新的Python环境与Scanpy、Squidpy版本的分析，主要内容有：数据质控、归一化、特征选择、降维、空间基因表达和聚类可视化、spot的基础注释等。 5、多样本分析：空间转录组|多样本整合分析手册重点介绍harmony去批次、Scanorama、Combat矫正、BBKNN矫正及深度学习模型等方式处理空间转录组多样本整合方法，有效解决传统分析中批次效应难以精准校正的核心问题。 6、基因共表达分析：以调控细胞分化、细胞类型转换的基因调控网络为研究核心，依托SCENIC、hotspot、decoupler等工具，系统开展空间转录组基因共表达网络分析，全面覆盖主流基因调控分析需求。 7、去卷积分析：空间转录组反卷积分析解析每个spot中细胞类型组成比例的过程，进而达到从混合表达信号中推断细胞类型空间分布模式的目的。 8、邻域分析：邻域分析是基于空间位置的细胞/spot邻域划分与表达谱分析，具有从“单细胞”到“细胞群落”的表型解析，揭示群体功能的核心价值，以及阐明细胞间通讯、微环境异质性、结构-功能关联的生物学意义。 9、细胞通讯：空转细胞通讯能够整合空间坐标、细胞类型与基因表达数据，解析细胞-细胞相互作用及组织微环境调控机制。CellPhoneDB、Commot、stLearn是搞定空转细胞通讯分析的很好选择。 10、轨迹分析：轨迹分析可重构潜在的生物学动态过程（如分化、发育、响应、演化等）的拓扑结构与相对顺序。在空转中，向大家推荐SpaTrack与stLearn这两种工具。 11、拷贝数变异：空间转录组拷贝数变异分析通过推断其染色体拷贝数状态，为空转数据的肿瘤细胞鉴定与异质性评估提供了方法。inferCNV和CalicoST是空转进行CNV分析很好的选择。 学习完以上内容，就到实战环节了，大家可以试试能否独立复现一篇完整的文章：《Nature Genetics》文献复写 | 结直肠癌免疫细胞的高清空转分析（Visium HD+Xenium） 搞定以上内容，你大概率就可以独立完成SCI与硕博论文的单细胞工作啦，期待你的好消息：欢迎致谢。 
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空间转录组可谓是高、新、贵技术，我们更过以下内容： 如果你希望有人真的手把手教你学空间转录组： 69h空转视频！从 “零基础”到“复现《Nature Genetics》代码” 技术贴 空间转录组学习手册合辑 Seurat空间转录组学习手册 Scanpy空间转录组学习手册 Stereopy空间转录组学习手册 Squidpy空间转录组学习手册 一文搞定空间转录组与单细胞测序的整合分析 如何将已经构建好的Seurat空转对象转存为原始文件？ 10X Visium上游定量过程 CellChat空转细胞通讯合辑 日常吐槽 一文掌握六个空转数据库 一文搞定空间转录组与单细胞测序的整合分析 一次性读取文件夹下所有Visium数据 Tangram利用深度学习完成空间与单细胞数据的整合 空间转录组数据基础分析手册 空间转录组|多样本整合分析手册 一文学会三种空转数据共表达网络分析 一文搞定空转数据反卷积分析 三种方法教你搞定空转数据邻域分析：squidpy+stSME+NMF分解 空转细胞通讯分析学习手册：CellPhoneDB+Commot+stLearn 空间转录组轨迹分析学习手册 空间转录组数据拷贝数变异分析学习手册 《Nature Genetics》文献复写 | 结直肠癌免疫细胞的高清空转分析（Visium HD+Xenium） 空间转录组NMF降维分群 FlashDeconv：三分钟帮你处理100万个spots 空间转录组SeekSpace系列 为了进一步推动单细胞科研的发展，寻因生物推出了“2024 寻因Space行知计划”，愿与行知者携手，一直游到海水变蓝。 《Cell》| Stere-Seq力作 空间转录组与单细胞转录组整合分析工具大比拼 《Nature》空间转录组综述 基于scRNA-Seq&空间转录组的AKI研究 真·单个细胞级别的空间转录组 宋尔卫院士的儿子以共一身份发表《Cell》！ 有免疫特征的基质细胞，有没有可能是双细胞？ Squidpy: 一站式完成空间多组学数据分析 临床样本+单细胞+空转=IF4.8？ 《Nature》经典综述：空间转录组学探索组织结构 单细胞空间转录组在脑科学领域的应用 《Nature Methods》教你如何挑选空转平台 Tangram利用深度学习完成空间与单细胞数据的整合 空间转录组做到啥程度能"硕士"毕业？ 空间转录组做到啥程度能博士毕业？ 2024年了, 都哪些组织有空转数据(小鼠篇) 2024年了, 都哪些组织有空转数据(人类篇) 2025年了, 都哪些物种有空转数据？ 《Nature》：Slide-tags实现多模态空间基因组学的单核条形码 谁说一定要去卷积，亚细胞分辨率空转分析的新方法 《Nature Methods》新算法|MARBLE利用几何深度学习解释神经群体动力学 Stereopy终于上架《NC》啦 《Nature Biotechnology》：稳定的空转细胞解卷积方法—RCTD 《Brief Bioinform》: 鼠脑单细胞与Stereo-seq数据整合算法评估 《Cancer Cell》|时空单细胞分析揭示结直肠癌免疫治疗不同反应的细胞动态 最全综述|一文了解单细胞和空间组学的分类与应用 《Cell Metabolism》| 多组学联用挖掘肾脏致病基因 Spatial-Mux-seq空间多组学，一网打尽染色质特征、转录组、蛋白质修饰与表达 《Cell》综述| 空间组学的常见分析 《NBT》| Cell2location注释空间数据细胞 2025年了，空间组学都有哪些分类与应用？ 博士论文解析|空间转录组测序样本准备及在帕金森病中的应用研究 博士毕业论文解析| 基于空间转录组学技术对原发性肝癌空间异质性的研究 博士毕业论文解析| 利用时空多组学解析肝脏功能结构及肝再生、肝纤维化分子机制 《NC》新工具：HERGAST揭示超大空转切片的精细空间结构&放大基因表达信号 《NBT》| Cell2location注释空间数据细胞 《Advanced Science》单细胞联合空转揭示PROS1-MERTK信号轴驱动甲状腺微小乳头状癌肿瘤微环境 《Advanced Science》单细胞联合空转揭示PROS1-MERTK信号轴驱动甲状腺微小乳头状癌肿瘤微环境 《Science Advances》11例样本图谱文章，空间转录组揭示特发性肺纤维化病理特征 
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