在Linux服务器中部署omicverse-web,助力组学分析

一边学习，一边总结，一边分享！

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写在前面

Steorra开发了OmicVerse(OmicClaw)，给我们组学分析带来了很大的便利性，非常优秀的软件。此外，Steorra也做非常详细的教程，也在他自己的账号下分享了教程。但是，作为的一名使用者，无论怎么再怎么优秀的软件，得自己使用上才可以。若是一味的纸上谈兵，那都是没有任何意义。 在前面的教程，我们分享了在Linux中安装omicverse / OmicClaw，Bulk RNA和单细胞分析“信手捏来”？，此教程也初步提到omicverse-web的安装，但未做“步骤性”的教程。

相关网址

1. Github仓库

https://github.com/Starlitnightly/omicverse-web

2. 中文帮助文档

https://github.com/Starlitnightly/omicverse-web/blob/main/README_CN.md

安装教程

在安装的omicverse-web前，我个人还是建议大家创建一个新的环境。

1. 创建环境

 mamba create -n omicverseweb python=3.10

2. 激活环境

mamba activate omicverseweb

3. 安装对应模块

我是在环境中安装omicverse-web，此环境基本没有多余的python包，我们这里参考借鉴安装omicverse的教程，提前安装相关的包(此操作仅供参考）。

安装 PyTorch 和 PyTorch Geometric (PyG):

# 对于 CUDA 支持（使用 'nvcc --version' 检查您的 CUDA 版本）conda install pytorch torchvision torchaudio pytorch-cuda=11.8 -c pytorch -c nvidia# 或仅使用 CPU 安装conda install pytorch torchvision torchaudio cpuonly -c pytorch# 安装 PyTorch Geometricconda install pyg -c pyg

4. 安装omicverse-web

在安装omicverse-web时，在我们自己的服务器中，会出现缺失一些Python包，可能每个人遇到的缺失包不一样，你缺失什么包就使用pip安装什么包。

4.1 sympy包版本不对

安装对应版本

pip install sympy==1.13.1

4.2 缺少flatbuffers包

安装

pip install flatbuffers

...............

5. 启动omicverse-web

安装完成后，在终端执行：

omicverse-web

服务默认在 http://localhost:5050 启动（端口被占用时自动顺延至 5051、5052 …）。看到以下输出即表示启动成功：

* OmicVerse Web running on http://localhost:5050

在浏览器中打开该地址即可进入平台。

6. 可选参数

omicverse-web --port 8080# 指定端口omicverse-web --no-debug           # 关闭调试模式（生产环境推荐）omicverse-web --remote             # 远程模式（配合 SSH 隧道）

7. 界面概览

在左上角也有很多的小窗口，供自己使用。

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