Linux是做生信分析绕不开的操作系统。对于新手小白来说可能很多命令比较难理解，今天我们整理一下最常用的Linux命令，帮助大家快速上手服务器操作。
一、目录操作命令
1. 查看当前所在目录
对于目录大家可能比较难理解，这里当成文件夹就行
pwd
2. 查看目录下文件
ls
# 会显示当前目录下的文件和文件夹
查看详细信息：
ls -l
显示隐藏文件：
ls -la
3. 进入目录
cd 文件夹名
进入上一级目录：
cd ..
回到家目录:
cd ~
4. 创建目录
mkdir test
创建多级目录（也就是递归创建）：
mkdir -p project/raw_data
二、文件操作命令
5. 创建空文件
touch test.txt
6. 复制文件
cp file1.txt file2.txt
复制目录：
cp -r dir1 dir2
7. 移动文件
mv old.txt new.txt
既可重命名，也可移动位置。
8. 删除文件
rm file.txt
删除目录：
rm -r folder
强制删除：
rm -rf folder
⚠️ 慎用 rm -rf，删除后通常无法恢复。
三、查看文件内容
9. 查看整个文件
cat file.txt
10. 分页查看大文件
less file.txt
常用于查看日志和结果文件。
退出：
q
11. 查看前10行
head file.txt
查看前20行：
head -20 file.txt
12. 查看后10行
tail file.txt
实时监控日志：
tail -f log.txt
四、搜索命令
13. 查找文件
find . -name "*.fastq.gz"
查找当前目录下所有测序文件。
14. 查找关键词
grep "TP53" gene.txt
统计出现次数：
grep -c "TP53" gene.txt
五、压缩与解压
15. 解压gzip文件
gunzip sample.fastq.gz
16. 解压tar包
tar -xvf file.tar
17. 解压tar.gz
tar -zxvf file.tar.gz
18. 压缩目录
tar -zcvf result.tar.gz result/
六、服务器资源查看
19. 查看内存
free -h
示例：
Mem: 256G
20. 查看磁盘空间
df -h
查看各目录大小：
du -sh *
21. 查看CPU信息
lscpu
22. 查看运行进程
top
更友好的版本：
htop
七、生信分析常用命令
23. 统计FASTQ序列数
zcat sample.fastq.gz | echo $((`wc -l`/4))
更推荐：
zcat sample.fastq.gz | wc -l
FASTQ每4行为一条序列。
24. 查看FASTA序列数
grep "^>" genome.fa | wc -l
25. 统计基因表达矩阵行数
wc -l counts.txt
八、后台运行任务
26. nohup运行程序
nohup python script.py > log.txt 2>&1 &
关闭终端后程序仍继续运行，可避免服务器连接终端任务断掉。
27. 查看任务
ps -ef | grep python
28. 结束任务
kill PID
强制结束：
kill -9 PID
九、权限管理
29. 修改权限
chmod 755 script.sh
赋予执行权限：
chmod +x script.sh
30. 查看权限
ls -l
例如：
-rwxr-xr-x
# rwx：所有者权限
# r-x：用户组权限
# r-x：其他用户权限
写在最后
初学者会感觉命令多又杂，经常忘记，这是非常正常的现象。个人觉得与其刻意死记硬背，不如把更多时间花在实际操作上，当我们经常使用会形成自然的肌肉记忆。
