Linux是做生信分析绕不开的操作系统。对于新手小白来说可能很多命令比较难理解，今天我们整理一下最常用的Linux命令，帮助大家快速上手服务器操作。

一、目录操作命令

1. 查看当前所在目录

对于目录大家可能比较难理解，这里当成文件夹就行

pwd

2. 查看目录下文件

ls

# 会显示当前目录下的文件和文件夹

查看详细信息：

ls -l

显示隐藏文件：

ls -la

3. 进入目录

cd 文件夹名

进入上一级目录：

cd ..

回到家目录:

cd ~

4. 创建目录

mkdir test

创建多级目录（也就是递归创建）：

mkdir -p project/raw_data

二、文件操作命令

5. 创建空文件

touch test.txt

6. 复制文件

cp file1.txt file2.txt

复制目录：

cp -r dir1 dir2

7. 移动文件

mv old.txt new.txt

既可重命名，也可移动位置。

8. 删除文件

rm file.txt

删除目录：

rm -r folder

强制删除：

rm -rf folder

⚠️ 慎用 rm -rf，删除后通常无法恢复。

三、查看文件内容

9. 查看整个文件

cat file.txt

10. 分页查看大文件

less file.txt

常用于查看日志和结果文件。

退出：

q

11. 查看前10行

head file.txt

查看前20行：

head -20 file.txt

12. 查看后10行

tail file.txt

实时监控日志：

tail -f log.txt

四、搜索命令

13. 查找文件

find . -name "*.fastq.gz"

查找当前目录下所有测序文件。

14. 查找关键词

grep "TP53" gene.txt

统计出现次数：

grep -c "TP53" gene.txt

五、压缩与解压

15. 解压gzip文件

gunzip sample.fastq.gz

16. 解压tar包

tar -xvf file.tar

17. 解压tar.gz

tar -zxvf file.tar.gz

18. 压缩目录

tar -zcvf result.tar.gz result/

六、服务器资源查看

19. 查看内存

free -h

示例：

Mem: 256G

20. 查看磁盘空间

df -h

查看各目录大小：

du -sh *

21. 查看CPU信息

lscpu

22. 查看运行进程

top

更友好的版本：

htop

七、生信分析常用命令

23. 统计FASTQ序列数

zcat sample.fastq.gz | echo $((`wc -l`/4))

更推荐：

zcat sample.fastq.gz | wc -l

FASTQ每4行为一条序列。

24. 查看FASTA序列数

grep "^>" genome.fa | wc -l

25. 统计基因表达矩阵行数

wc -l counts.txt

八、后台运行任务

26. nohup运行程序

nohup python script.py > log.txt 2>&1 &

关闭终端后程序仍继续运行，可避免服务器连接终端任务断掉。

27. 查看任务

ps -ef | grep python

28. 结束任务

kill PID

强制结束：

kill -9 PID

九、权限管理

29. 修改权限

chmod 755 script.sh

赋予执行权限：

chmod +x script.sh

30. 查看权限

ls -l

例如：

-rwxr-xr-x

# rwx：所有者权限
# r-x：用户组权限
# r-x：其他用户权限

写在最后

初学者会感觉命令多又杂，经常忘记，这是非常正常的现象。个人觉得与其刻意死记硬背，不如把更多时间花在实际操作上，当我们经常使用会形成自然的肌肉记忆。