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在singularity中如何安装需要编译的软件

在新建的容器中，我们可以理解成这个是一个全新环境的服务器，就是一片空白。我们生信软件，在这个环境中，全部的环境，都需要我们自己安装。

那么，如何安装需要编译的软件呢。

如下所示：

  ./configure  make  make install

在我们的一般的服务器中，大多数Linux系统都是的将一些编译软件集成在一起，因此，我们在使用时，基本直接就可以编译。

如果你遇到以下情况，请进行注意。

Singularity> ./configure checking for gcc... nochecking for cc... nochecking for cl.exe... nochecking for clang... noconfigure: error: in '/opt/bcftools-1.22':configure: error: no acceptable C compiler found in $PATHSee 'config.log' for more details

此提示，在singularity容器中未安装 安装编译工具 。

遇到此情况，请安装对应的编译软件。（此部分，已在前面部分安装。）

apt-get updateapt-get install -y zlib1g-dev build-essential zlib1g-dev libbz2-dev liblzma-dev libcurl4-openssl-dev

安装后，你就可以直接进行编辑软件。

例子：

以bcftools为例子。

1. 下载软件

https://github.com/samtools/bcftools/releases

1. 解压与安装

tar -xvjf bcftools-1.22.tar.bz2cd bcftools-1.22## 安装./configuremake 

安装成功！

Singularity> ./bcftools Program: bcftools (Tools for variant calling and manipulating VCFs and BCFs)Version: 1.22 (using htslib 1.22)Usage:   bcftools [--version|--version-only] [--help] <command> <argument>Commands: -- Indexing    index        index VCF/BCF files -- VCF/BCF manipulation    annotate     annotate and edit VCF/BCF files    concat       concatenate VCF/BCF files from the same set of samples    convert      convert VCF/BCF files to different formats and back    head         view VCF/BCF file headers    isec         intersections of VCF/BCF files    merge        merge VCF/BCF files files from non-overlapping sample sets    norm         left-align and normalize indels    plugin       user-defined plugins    query        transform VCF/BCF into user-defined formats    reheader     modify VCF/BCF header, change sample names    sort         sort VCF/BCF file    view         VCF/BCF conversion, view, subset and filter VCF/BCF files

1. 添加到环境变量中

vim BioinfR/environment## 将路径写入保存PATH=$PATH:/opt/bcftools-1.22

1. 使用singularity运行

$ singularity exec BioinfR/ bcftools -hWARNING: underlay of /usr/share/zoneinfo/Asia/Taipei required more than 50 (78) bind mountsProgram: bcftools (Tools for variant calling and manipulating VCFs and BCFs)Version: 1.22 (using htslib 1.22)Usage:   bcftools [--version|--version-only] [--help] <command> <argument>Commands: -- Indexing    index        index VCF/BCF files -- VCF/BCF manipulation    annotate     annotate and edit VCF/BCF files    concat       concatenate VCF/BCF files from the same set of samples    convert      convert VCF/BCF files to different formats and back    head         view VCF/BCF file headers    isec         intersections of VCF/BCF files    merge        merge VCF/BCF files files from non-overlapping sample sets    norm         left-align and normalize indels    plugin       user-defined plugins    query        transform VCF/BCF into user-defined formats    reheader     modify VCF/BCF header, change sample names    sort         sort VCF/BCF file    view         VCF/BCF conversion, view, subset and filter VCF/BCF files

Hisat2 安装

unzip hisat2-2.2.1-Linux_x86_64.zipcd hisat2-2.2.1-Linux_x86_64## 添加环境变量vim ioinfR/environment##输入路径PATH=$PATH:/opt/hisat2-2.2.1

Stringtie安装

tar -zxvf stringtie-3.0.1.Linux_x86_64.tar.gz# ## 添加环境变量vim ioinfR/environment##输入路径PATH=$PATH:/opt/stringtie-3.0.1.Linux_x86_64

安装samtools软件，进行编译。

查看安装命令

$ cat README##------------The typical simple case of building Samtools using the HTSlib bundled withinthis Samtools release tarball is done as follows:    cd .../samtools-1.22 # Within the unpacked release directory    ./configure    make

1. 下载软件

https://github.com/samtools/samtools#

1. 解压与安装

tar -xvjf samtools-1.22.tar.bz2cd samtools-1.22## 安装./configuremake

1. 添加环境变量

vim ioinfR/environment##输入路径PATH=$PATH:/opt/samtools-1.22

gffread安装

1. 软件网址

https://github.com/gpertea/gffread

1. 下载

https://github.com/gpertea/gffread/releases

1. 解压与安装

tar -zxvf gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz## cd gffread-0.12.7.Linux_x86_64

1. 添加环境变量

vim ioinfR/environment## 添加路径PATH=$PATH:/opt/gffread-0.12.7.Linux_x86_64

安装成功！！

fastp安装

1. 软件网址

https://github.com/OpenGene/fastp

1. 软件下载

https://github.com/OpenGene/fastp/releases

wget https://github.com/OpenGene/fastp/archive/refs/tags/v1.0.1.tar.gz

1. 解压与安装

tar -zxvf fastp-1.0.1.tar.gz## cd fastp-1.0.1make -j

1. 添加环境变量

vim ioinfR/environment## 添加路径PATH=$PATH:/opt/fastp-1.0.1

hifiasm安装

查看教程：基于HiFisam软件对HiFi reads 组装

1. 解压

tar -zxvf hifiasm-0.25.0.tar.gz# cd hifiasm-0.25.0/

若是不知道如何安装的，可以查看每个软件的README.md。

1. 安装

cd hifiasm-0.25.0/make

1. 添加环境

vim ioinfR/environment## 添加路径PATH=$PATH:/opt/hifiasm-0.25.0

jellyfish安装

可以查看教程：Jellyfish+GenomeScope评估基因组大小

1. 解压

tar -zxvf jellyfish-2.3.1.tar.gz

1. 安装

./configure --prefix=$HOMEmake -j 4make install

1. 添加环境变量

vim ioinfR/environment## 添加路径PATH=$PATH:/opt/jellyfish-2.3.1/bin

fasterq-dump多线程解压，prefetch等sra-tools工具

参考教程：如何实现快速解压SRA文件 | 你是使用fastq-dump(单线程）还是pfastq-dump（多线程）

先安装：ncbi-vdb（可选）

https://github.com/ncbi/ncbi-vdb

解压

tar -zxvf ncbi-vdb-3.2.1.tar.gzcd ncbi-vdb-3.2.1/## 安装./configuremake -j4make install 

（-j4 表示并行编译 4 线程，如果 CPU 多可以调大，比如 -j8）

注意：上面部分可以跳过

1. 安装教程网址

https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/02.-Installing-SRA-Toolkit

1. 解压与安装

## 解压tar -zxvf sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gzcd sratoolkit.3.2.1-ubuntu64/bin## 

本软件所有脚本软件

abi-dump	  cache-mgr		   fastq-dump.3		illumina-load.3      pacbio-load	  sam-dump.3		 sra-search	    srapath		test-sra.3.2.1	     vdb-dump.3		vdb-validate.3abi-dump.3	  cache-mgr.3		   fastq-dump.3.2.1	illumina-load.3.2.1  pacbio-load.3	  sam-dump.3.2.1	 sra-search.3	    srapath-orig.3.2.1	vdb-config	     vdb-dump.3.2.1	vdb-validate.3.2.1abi-dump.3.2.1	  cache-mgr.3.2.1	   fastq-load		kar		     pacbio-load.3.2.1	  sff-dump		 sra-search.3.2.1   srapath.3		vdb-config.3	     vdb-encryptabi-load	  cg-load		   fastq-load.3		kar.3		     prefetch		  sff-dump.3		 sra-sort	    srapath.3.2.1	vdb-config.3.2.1     vdb-encrypt.3abi-load.3	  cg-load.3		   fastq-load.3.2.1	kar.3.2.1	     prefetch-orig.3.2.1  sff-dump.3.2.1	 sra-sort-cg	    sratools		vdb-copy	     vdb-encrypt.3.2.1abi-load.3.2.1	  cg-load.3.2.1		   helicos-load		kdbmeta		     prefetch.3		  sff-load		 sra-sort-cg.3	    sratools.3		vdb-copy.3	     vdb-lockalign-info	  fasterq-dump		   helicos-load.3	kdbmeta.3	     prefetch.3.2.1	  sff-load.3		 sra-sort-cg.3.2.1  sratools.3.2.1	vdb-copy.3.2.1	     vdb-lock.3align-info.3	  fasterq-dump-orig.3.2.1  helicos-load.3.2.1	kdbmeta.3.2.1	     rcexplain		  sff-load.3.2.1	 sra-sort.3	    srf-load		vdb-decrypt	     vdb-lock.3.2.1align-info.3.2.1  fasterq-dump.3	   illumina-dump	latf-load	     rcexplain.3	  sra-pileup		 sra-sort.3.2.1     srf-load.3		vdb-decrypt.3	     vdb-unlockbam-load	  fasterq-dump.3.2.1	   illumina-dump.3	latf-load.3	     rcexplain.3.2.1	  sra-pileup-orig.3.2.1  sra-stat	    srf-load.3.2.1	vdb-decrypt.3.2.1    vdb-unlock.3bam-load.3	  fastq-dump		   illumina-dump.3.2.1	latf-load.3.2.1      sam-dump		  sra-pileup.3		 sra-stat.3	    test-sra		vdb-dump	     vdb-unlock.3.2.1bam-load.3.2.1	  fastq-dump-orig.3.2.1    illumina-load	ncbi		     sam-dump-orig.3.2.1  sra-pileup.3.2.1	 sra-stat.3.2.1     test-sra.3		vdb-dump-orig.3.2.1  vdb-validate

添加环境变量

vim ioinfR/environment## 添加路径PATH=$PARH:/opt/sratoolkit.3.2.1-ubuntu64/bin

pfastq-dump多线程解压工具

参考教程：如何实现快速解压SRA文件 | 你是使用fastq-dump(单线程）还是pfastq-dump（多线程）

1. 解压

unzip pfastq-dump-0.1.6.zip## cd pfastq-dump-0.1.6/binchmod a+x pfastq-dump

1. 添加环境变量

vim ioinfR/environment## 添加路径PATH=$PATJ:/opt/pfastq-dump-0.1.6/bin

psRobot安装

1. 解压

tar -zxvf psRobot_v1.2.tar.gzcd psRobot_v1.2/##./configuremakemake install

添加环境变量

vim ioinfR/environment## 添加路径PATH=$PATH:/opt/psRobot_v1.2

bedtools安装 （注意：安装后，可能singularity环境会错误，建议不在singularity中安装）

1. 下载

https://github.com/arq5x/bedtools2?tab=readme-ov-file

1. 下载

https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/tag/v2.31.1

1. 解压与安装

tar -zxvf bedtools-2.31.1.tar.gzcd bedtools2/## 安装/编译make

1. 使用教程

https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/

rmblast软件

rmblastn 是 NCBI BLAST+ 套件里的一个可执行程序，它本质上是 BLASTN 的改进版本，用于在进行 核酸序列比对时屏蔽低复杂度区域（low-complexity regions）。

下面详细解释：

1️⃣ 基本概念

• BLASTN：用于核酸序列（DNA/RNA）比对的工具，将一个查询序列（query）比对到数据库（database）中找相似序列。
• Low-complexity regions（低复杂度区）：指序列中重复或组成简单的片段，例如 AAAA、ATATAT 等。这些区域可能导致比对结果假阳性。
• **RepeatMasker BLAST (rmblastn)**：是 NCBI BLAST 与 RepeatMasker 协作开发的版本，用于在比对前自动屏蔽这些低复杂度区域，提高比对准确性。

2️⃣ rmblastn 的特点

3️⃣ 使用示例

rmblastn -query query.fasta -db nt -out results.out -outfmt 6 -num_threads 4

说明：

• -query：输入文件
• -db：比对数据库
• -out：输出文件
• -outfmt 6：表格格式输出
• -num_threads：多线程

注意：如果想禁用低复杂度屏蔽，可以加 -dust no。

1. 下载

https://www.repeatmasker.org/rmblast/

下载所需的环境

apt install -y libgomp1

1. 解压与安装

tar -zxvf rmblast-2.14.1+-x64-linux.tar.gzcd rmblast-2.14.1## 

1. 添加环境变量

vim ioinfR/environment## 添加路径PATH=$PATH:/opt/rmblast-2.14.1/bin

1. 打包

打包成*.sif文件

singularity build -f blast.sif blast/

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