260801期 | Linux多线程将SRA文件拆分成FQ文件 | pfastq-dump工具

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下载组学数据一般为SRA文件格式，需要将其拆分为FQ文件格式，常用的工具是NCBI中的fastq-dump软件进行拆分。

但是，fastq-dump软件只能使用单线程运行，速度非常慢。可以看教程转录组上游分析教程 | NCBI转录组数据的下载

那么如何实现多线程快速拆分呢？今天我们推荐大家使用pfastq-dump工具，实现多线程运行，提供工作效率。

pfastq-dump安装

1. 下载网址

https://github.com/inutano/pfastq-dump

1. 安装

可以直接使用git clone进行下载

$ git clone https://github.com/inutano/pfastq-dump$ cd pfastq-dump$ chmod a+x bin/pfastq-dump

1. 下载源码安装包

https://github.com/inutano/pfastq-dump/releases

下载后解压，操作上同。

1. 添加路径 将路径写到~/.bashrc中，输入命令vim ~/.bashrc。

PATH=$PATH:~/software/pfastq-dump/bin

1. 运行

pfastq-dump -hUsage:pfastq-dump --threads <number of threads> [options] <path> [<path>...]pfastq-dump option:-t|--threads         number of threads-s|--sra-id          SRA id-O|--outdir          output directory--tmpdir             temporary directoryExtra arguments will be passed throughOther:-v|--version         show version info-h|--help            program usage

1. pfastq-dump使用与fastq-dump一致

## 双端数据pfastq-dump -t 58 --split-files *.sra## 单段数据fastq-dump -t 58 *.sra
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