平时简单的bash脚本+R语言够用了,因此好几年没认真写Python脚本,这次基于GPT 5.6 Sol结合Rosalind定制Python学习课程,主要目标是尽快达到这三个能力:看到Python生信代码能读懂、能改、能debug
能独立写序列处理、FASTA/FASTQ、VCF/BAM 等数据处理脚本
能继续进入 genome assembly algorithm + PyTorch/deep learning
一、Python 学习路线
课程包括 4 个阶段、约 30 个主题。
Python 基础 → 序列处理 → Pythonic 编程 → Genomics → Genome assembly → PyTorch
Phase 1:R → Python 快速迁移
目标:
能够独立写简单 Python 脚本处理 DNA/RNA 序列。
1. Python 基本环境
9. for loop
10. while loop
11. List comprehension
Phase 2:函数 + 文件 + Bioinformatics Programming16. Exception / error handling23. R tidyverse ↔ Pandas 对照25. DNA/RNA sequence algorithms30. Genomics 常见 Python 工具31. NumPy → PyTorch Tensor