Linux | anaconda和软件安装

wget -c https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh## wget -c类似于迅雷，是单线程工具；axel是多线程工具，下载比较快。## 线程 是操作系统能够进行运算调度的最小单位。比方说进程就像一家餐厅，线程就像餐厅里的服务员，单线程=只有一个服务员处理所有顾客，多线程=有多个服务员同时服务不同顾客

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shsource ~/.bashrc ##重新加载bashrc文件conda --help##能打印出帮助文档就是成功了

配置conda频道

类比于电视机的频道，要看快乐大本营需要有湖南卫视，而安装某个软件需要相应的conda频道。只需要添加两个频道bioconda和conda-forge两个，不要重复添加。并删除其中的官方的defaults频道

conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/conda config --remove channels defaults

创建独立小环境

conda create -n rna ##创建名为rna的小环境conda activate rna ##激活小环境conda deactivate ##退出小环境conda env list ##列出存在的环境conda remove -n rna --all ##删除已创建的小环境及安装包conda rename -n dna ##给创建好的小环境修改名称

安装软件

软件一定要安装到自己的小环境里，不要安装在base里面。

用命令安装

conda install fastqc ##安装一个软件fastqc --help##调用帮助文档来确认是否能用conda install  -y  fastp fastqc ##安装多个软件conda install fastqc=0.11.7 ##安装指定版本的一个软件conda search fastqc ##查找是否conda里可以装这个软件及其版本conda install -y fastqc ##跳过安装时的确认步骤

用配置文件导入

## 相同平台conda list --explicit > env.txt ##导出conda create --name <env> --file <this file> ##导入## 不同平台conda env export envname > env.yml ##导出conda env create --name <envname> --file env.yml ##导入

转录组分析所需软件

conda install -y python=3.9 trim-galore cutadapt hisat2 subread multiqc=1.23  samtools  salmon fastp fastqc sra-toolsconda install -y kingfisher paraflyconda install hcc::aspera-cli=3.9.6 ##最后一个软件可能因网络问题一直报错，可使用以下网址本地下载上传到服务器并安装：https://conda.anaconda.org/hcc/linux-64/aspera-cli-3.9.6-h5e1937b_0.tar.bz2 ##浏览器打开并下载conda install ./aspera-cli-3.9.6-h5e1937b_0.tar.bz2 ##传输到服务器的当前文件夹并安装

使用--help调用以下内容确认已经安装成功

查看已安装的软件

conda list ##查看当前环境所安装的软件conda list fast ##查看符合正则表达式的软件conda list -n rna ##查看指定环境的软件

今天的分享就到这里啦，我们下期见啦

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