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生物信息学-linux及Ubuntu22基础

  • 2026-09-04 20:27:58
生物信息学-linux及Ubuntu22基础

前期安装WSL(Windows Subsystem for Linux)、Ubuntu、Windows terminal可以移步某站,由于之前我的电脑已经安装,所以不在这里赘述了,本文所用代码均用蓝色字体标注,特此鸣谢chatgpt。

安装miniconda

1、将Ubuntu设置为默认打开终端程序

2、安装 Miniconda

重要性:环境管理器,使各文件及不同版本系统之间不互相打扰

cd ~ 

cd:change directory(切换目录)

~:/home/xxx

pwd:print working directory(显示当前路径)

看到的是/home/xxx,则说明在home目录,这里有全部权限,不需要sudo,不会破坏系统,不会污染核心目录

wget 

https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

出现协议后,不停按空格键

关闭 Ubuntu,重新打开,显示如下安装成功

环境隔离

conda --version

注意!不要在base环境做科研

默认每次打开终端都会进入 (base),其实不好,建议关闭自动进入。

conda config --set auto_activate_base false

修改conda的默认行为,base属于操作系统层,负责管理conda,创建环境及调度依赖,安装各种软件,可能会污染base

conda config:修改conda的配置文件

--set:设置一个参数

auto_activate_base:是否自动进入base

false:不要自动进入

当你想进入base时,可使用的代码就是 conda activate base

离开这个环境是conda deactivate

未来在lunix:永远默认命令=小写

尝试创建conda create -n bioinfo python=3.10

安装3.10版本是因为很多科研包还没有适配,例如常见的scanpy,pytorch,tensorflow,scikit-learn,biopython等,因此大家一般使用会落后python最新版1-2个版本

询问是否接受anaconda软件仓库的使用协议(ToS)

询问原因是conda从官方仓库下载软件包

这里有两个仓库:

pkgs/main

pkgs/r

表明未来可以轻松安装:python科研包,R科研包

这里创建的bioinfo,像是一间独立实验室,因为里面可以放numpy,pandas,pytorch,scanpy,biopython

接下来就是让这个环境变成真正可用于科研的基础环境。

conda install numpy pandas matplotlib jupyter

作用:

numpy:科研计算核心

pandas:表格/数据处理神器

matplotlib:画图

jupyter:交互科研环境

当看到>>>,就意味着python解释器启动了,即打开了科研计算引擎,但还没有操作。

print("hello bioinformatics")

print:是python里最基础的一条命令,让计算机把内容输出给我看

它也可以用来检查数据是否读入print(df.head()),看变量内容print(gene_list),调试代码print("step1 ok"),当科研代码出bug时,常用print一下看看发生了什么,即debug思维。

退出代码:exit()

赠言

最后,祝我的读者们新年快乐!

2026 New Year

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