Python绘图 | NC小提琴图复现(包含完整代码)

import pandas as pdimport ete3import scipy as sciimport numpy as npimport osimport seaborn as snsimport matplotlib as mplimport matplotlib.pyplot as pltimport mpl_toolkits.axes_grid1.inset_locatorfrom statannotations.Annotator import Annotatorimport itertoolsimport randomrandom.seed(0)  

funvsphyl_dir = "./Fig/"%matplotlib inlinempl.rcParams['figure.dpi'] = 300mpl.rcParams['savefig.dpi'] = 300plt.rcParams['svg.fonttype'] = "none"CELL_COLORS = {    "negative assoc.": "#377EB8",  # 蓝色    "unlinked": "#E41A1C",         # 红色    "positive assoc.": "#4DAF4A",  # 绿色}

palette_colors = [CELL_COLORS[cat] for cat in order]df = pd.read_csv('./dataset.csv')    new_categories = (    "unlinked",    "positive assoc.",    "negative assoc.",)order = (new_categories[2], new_categories[0], new_categories[1])g_r = sns.catplot(    data=df.set_index(["genome_a", "genome_b", "category"])    .drop(columns="edge")    .melt(ignore_index=False)    .reset_index(),    kind="violin",    row="variable",    x="value",    y="category",    palette=palette_colors,  # 使用CELL经典颜色    order=order,    height=4.5 / 2,    aspect=2,    sharex=False,    cut=0,)# 定义 graphtype 变量graphtype = "dRep95_MHQ"# Add annotations for significance for Mann-Whitney U testpairs = list(itertools.combinations(order, 2))for i, ax in enumerate(g_r.axes.flatten()):    ax.set_title(ax.get_title().split("= ", 1)[1], fontsize=10)    ax.set_ylabel(None)    print(ax.get_title())    boxplot_args = dict(        data=df,        x=ax.get_title(),        y="category",        palette=palette_colors,  # 使用CELL经典颜色        order=order,    )    annotator = Annotator(        ax=ax,        pairs=pairs,        **boxplot_args,        orient="h",    )    annotator.configure(        test="Mann-Whitney",        text_format="star",        loc="inside",        verbose=1,        comparisons_correction="Bonferroni",    )    _, _ = annotator.apply_and_annotate()    if i == 0:        ax.set_xlim(0, 6)# 保存图片for ext in ("svg", "pdf", "png"):    os.makedirs(os.path.join(funvsphyl_dir, ext), exist_ok=True)    g_r.figure.savefig(        os.path.join(            funvsphyl_dir,            ext,            f"dRep95_MHQ_fundist-vs-phyldist-tests_{graphtype}.{ext}",        ),        bbox_inches="tight",        dpi=300,    )plt.show()