
10. 基于Matplotlib的基础可视化


《Python入门课》是作为生信小白入门重要的课程之一,学好python,是单细胞+空间转录组,Python全流程实战教学的基础。
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基于Matplotlib的基础可视化(理论)
基于Matplotlib的基础可视化(实操)
在Python入门课| 01. 绪论中,我们给大家介绍了python的特点与用途,同时Python入门课| 02. python下载与安装手把手带领大家在不同系统中安装和下载Python;在Python入门课| 03. 变量与数据类型中了解了变量与数据类型,主要是整数、浮点数、字符串和布尔值;在Python入门课| 04. 类型转换中,python实现数据类型相互转换;在Python入门课| 05. 数据结构中掌握了python的数据结构,主要是列表与元组、字典、集合、数组、Series、数据框DataFrame、AnnData;之后学习了Python入门课| 06. 运算符和表达式,主要包含:算法运算符、比较运算符、逻辑运算符、位运算符、赋值运算符;在Python入门课| 07. 语法与语句中学习了python常见语句:条件语句、循环语句、函数定语语句;在Python入门课| 08. 数据的读取与保存中学习了在python中进行数据的读取与保存;在Python入门课| 09. 模块与包中我们学习了python中的模块与包;接下来,学习基于Matplotlib的基础可视化内容,让大家学会绘制2D图表:折线图、柱状图、散点图、直方图等。


图文内容


1. 基于Matplotlib的基础可视化
matplotlib是Python中最常用的数据可视化库,主要用于绘制 2D 图表(折线图、柱状图、散点图、直方图等)
import matplotlib.pyplot as plt%matplotlib inlineimport numpy as npplt.style.use('default')
x = np.linspace(0,5,11)y = x ** 2x
array([0. , 0.5, 1. , 1.5, 2. , 2.5, 3. , 3.5, 4. , 4.5, 5. ])yarray([ 0. , 0.25, 1. , 2.25, 4. , 6.25, 9. , 12.25, 16. , 20.25, 25. ])plt.plot(x,y)plt.show()

plt.plot(x,y)plt.xlabel('X label')plt.ylabel('y label')plt.title('Test_plot')plt.show()

y = x*2 y = x^(1/2)plt.subplot(1,2,1)plt.plot(x,y,'r')plt.xlabel('x label')plt.ylabel('y label')plt.title('title1')plt.subplot(1,2,2)plt.plot(y,x,'b')plt.xlabel('y label')plt.ylabel('x label')plt.title('title2')plt.show()

fig1 = plt.figure()axes = fig1.add_axes([0.1,0.1,0.8,0.8])axes.plot(x,y)axes.set_xlabel('X label')axes.set_ylabel('Y label')axes.set_title('Set title')fig1


fig = plt.Figure()axes1 = fig.add_axes([0.1,0.1,0.8,0.8])axes2 = fig.add_axes([0.2,0.45,0.2,0.4])figaxes1.plot(x,y)axes2.plot(y,x)fig

fig,axes = plt.subplots(nrows=1,ncols=2,figsize=(4,2))axes[0].plot(x,y)axes[1].plot(y,x)plt.show()

fig.savefig('example.png',dpi=300)fig = plt.figure()ax = fig.add_axes([0,0,1,1])ax.plot(x,y,label="X normal") # y=x**2ax.plot(x,y*2,label="X squared") # y=2x**2ax.legend(loc=(0.1,0.8))ax.set_xlabel("X label")ax.set_ylabel("Y label")plt.show()

data = {"Sample": ["S1", "S2", "S3", "S4", "S5"],"Condition_A": [5, 7, 6, 8, 7],"Condition_B": [6, 9, 5, 7, 10]}df = pd.DataFrame(data)print(df)
Sample Condition_A Condition_B 0 S1 5 6 1 S2 7 9 2 S3 6 5 3 S4 8 7 4 S5 7 10# 折线图plt.figure(figsize=(6,4))plt.plot(df["Sample"],df["Condition_A"], marker="o", label="Condition A") # 圆点标记plt.plot(df["Sample"], df["Condition_B"], marker="s", label="Condition B") # 方点标记plt.xlabel("Sample") #设置X轴坐标plt.ylabel("Expression Level") #设置Y轴左边plt.title("Line Plot") #设置图标题plt.legend() # 显示图例plt.show() #输出图片

# 柱状图# 以 Sample 为索引,画并排柱状图df.set_index("Sample")[["Condition_A", "Condition_B"]].plot(kind="bar", figsize=(6,4))plt.ylabel("Expression Level")plt.title("Bar Plot")plt.show()

# 散点图plt.figure(figsize=(8,4))# 横轴=Condition A, 纵轴=Condition B,颜色紫色,点大小100plt.scatter(df["Condition_A"], df["Condition_B"], color="purple", s=50)plt.xlabel("Condition A")plt.ylabel("Condition B")plt.title("Scatter Plot")plt.show()



Python入门课


1、课程简介
生信基地希望能够给大家提供系统性、形成性、规范性的生信教学。本次《Python入门课》可针对性的指导、答疑,分为"Python课程绪论"、"Python下载与安装"、"变量与数据变型"、"类型转换"、"数据结构"、"运算符和表达式"、"语法与语句"、"数据的读取与保存"、"模块与包"、"基于Matplotlib的基础可视化"、"简单机器学习入门"十一个模块共21节课。当然,我们也不做生信快餐,课程视频剪辑完毕,永久回放。后续我们会持续拉群在群里进行课程内容的答疑。
2、Python介绍
Python作为本次课程核心编程语言,语法简洁、库生态丰富、计算高效,是数据科学与自动化开发的主流选择,兼顾入门友好与高效开发。随着研究数据量,Python可弥补R语言在处理规模与扩展性上的不足,更好适合现科研需求。
我们制作的单细胞和空间转录组教程几乎也全是基于Python环境。很多同学找我们学习单细胞的时候都表示不想学习编程语言,直接学习单细胞/空间转录组分析,不积跬步无以至千里,这显然是不现实的,所以,欢迎大家来参加此次的课程。

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资料&课表



课程目录:
1. Python课程绪论
2. Python下载与安装
2.2 安装(以 Windows 为例)
2.3 Linux / macOS 安装
2.4 Miniconda 安装 python(虚拟环境)
3. 变量与数据类型
3.1 整数
3.2 浮点数
3.3 字符串
3.4 布尔值
4. 类型转换
5. 数据结构
5.1 列表与元组
5.2 字典
5.3 集合
5.4 数组
5.5 Series
5.6 数据框 DataFrame
5.7 Anndata
6. 运算符和表达式
6.1 算数运算符
6.2 比较运算符
6.3 逻辑运算符
6.4 位运算符
6.5 赋值运算符
7. 语法与语句
7.1 if条件语句
7.2 for循环语句
7.3 while循环语句
7.4 跳转语句
7.5 函数定义与调用
8. 数据的读取与保存
8.1 基础信息
8.2 不同格式文件读取
9. 模块与包
10. 基于Matplotlib的基础可视化
10.1 基础可视化
10.2 图像大小和 DPI 设置
10.3 设置图例
10.4 实战练习
11. 简单机器学习入门


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