MMPBSA安装及运行(Linux系统)

https://github.com/Jerkwin/gmxtools/blob/master/gmx_mmpbsa/gmx_mmpbsa.bsh

2.新建一个记事本文件，点一下我红框框起来的地方就可以把脚本都粘贴进记事本，然后保存，记得将名称改为gmx_mmpbsa.bsh

3.根据自己电脑类型下载APBSA软件（我用的是Linux，下载的是v3.4.1版本）

下载后可按照以下指令操作：

4.在你的MD结果文件夹中再新建一个文件夹，将MD结果中的md.tpr文件，md_center.xtc 文件（是校正后的那个，不是原始跑出来那个，具体可以看我之前的推文），index.ndx文件以及刚刚的gmx_mmpbsa.bsh文件都移到这个新建的文件夹。（以上文件名根据自己的来就行）

5.打开gmx_mmpbsa.bsh文件，将以下红框部分改为对应自己的，绿框部分是补充的三行

6.上述部分都没问题后，回到新建的文件夹，打开终端，首先生成一个轨迹文件（我一般是跑最后5-20ns，以下命令中红色部分根据自己实际情况调整）

echo 0 | gmx trjconv -s md_0_10.tpr -f md_center.xtc -o traj.xtc -b 95000 -e 100000

7.可检查轨迹是否正常（这步可省略）

gmx check -f traj.xtc

8.运行脚本

bash gmx_mmpbsa.bsh

9.运行结束后的界面大致如下