本文适合生信零基础人员，用以初识Linux操作系统Linux（“哩纳克斯”）操作系统：内核的名字也是“Linux”，是自由软件和开放源代码发展中最著名的例子，是一套免费使用和自由传播的类Unix操作系统，主要用于基于Intel x86系列CPU的计算机，是由世界各地的成千上万的程序员设计和实现的，其目的是建立不受任何商品化软件的版权制约的、全世界都能自由使用的Unix兼容产品。Linux有以下优点：
* 多数软件只有Linux版本；
* 强大的Bash命令简化繁琐的操作，尤其是大大简化重复性工作。
Shell：是用户和Linux内核之间的接口程序，如果把Linux内核想象成一个球体的中心，Shell就是围绕内核的外层，将用户的输入翻译为操作系统能处理的指令。
当从Shell或其他程序向Linux传递命令时，内核会做出相应的反应。例如：Shell提供了一些内置命令（如：ls、mkdir，查看文件或新建文件夹），也支持调用外面工具（如：博德研究所开发的gatk，进行基因组分析）。
图片转自：博客园（艾薇-Ivy）
Shell也是一个命令解释器，是命令语言、命令解释程序及程序设计语言的统称。它可以允许用户编写由Shell命令组成的程序，因此我们可以使用Shell控制Linux系统，来完成生物信息分析等其它工作。
Bash：是Bourne Again Shell的缩写，是一个为GNU计划编写的Unix shell。所以bash也是一种shell，通过Bash命令（例如：ls、mkdir、rm -rf /）来操控或摧毁计算机。
Terminal：即终端，或所谓的命令行界面，又称命令终端，是用户在输入Shell命令（Bash命令）用的窗口，外形是一个方框，有光标在闪烁。Linux的终端就是控制台，是用户与内核交互的平台，即进而控制内核完成任务操作。
操作系统：是管理计算机硬件与软件资源的计算机程序。操作系统需要处理如管理与配置内存、决定系统资源供需的优先次序、控制输入设备与输出设备、操作网络与管理文件系统等基本事务。
计算机语言：指用于人与计算机之间通讯的语言，例如C、Perl、Python和R。Bash语言实质上是建立在C、Perl等之上的更高级的“命令”或“程序”。计算机语言是人与计算机之间传递信息的媒介。计算机系统最大特征是指令通过一种语言传达给机器。为了使电子计算机进行各种工作，就需要有一套用以编写计算机程序的数字、字符和语法规则，由这些字符和语法规则组成计算机各种指令（或各种语句）。这些就是计算机能接受的语言。
Windows系统中打开Shell：鼠标放在“开始”窗口，右键点击，“运行”，输入“cmd”。或者快捷键win+R，输入“powershell”。
登录远程Linux服务器的Shell：所谓“远程”就是这台计算机不在你的办公室甚至不在一个局域网中，可能在城郊、贵州、美国或外太空^_^!。一般通过打开Windows的Xshell软件（需提前安装）登录远程Linux服务器，没有服务器的可以打开Win10的Ubuntu子系统，能做的事一模一样。
使用Xshell登陆远程Linux服务器的Shell：
IP：********* 端口：****** 用户名：*** 密码： ***
利用Xshell（或Rstudio）登陆远程Linux服务器的终端后，展示出来的就是远程Linux服务器的Bash/Shell界面。
Xshel的快捷方式设置：
Windows与Linux的终端长这样：
以下操作均在远程Linux终端上进行，适用于Linux操作系统（CentOS8)，绝大部分也适用于另一个Linux操作系统发行版（Ubuntu子系统）。
ls# ls命令是Linux中最常用的命令之一，是list的缩写，用来打印出当前目录清单
