利用python进行多序列比对可视化
- 2026-01-14 10:56:06
利用python进行多序列比对可视化
利用python进行多序列比对可视化
我们在找到相似序列时候，会碰到一个问题，就是如何对序列进行可视化，这里笔者推荐使用python模块pymsaviz 进行多序列比对可视化。
进行多序列比对
多序列比对有多种方式可以进行，这里使用mafft进行，示例数据为rpl16.pro.fa。
在conda中安装mafft后，进行下列操作，生成msa文件。
mafft --maxiterate 1000 --thread 10 rpl16.fa > rpl16.msa.fa
msa为多序列比对的结果，其本质依然是fasta文件， 只不过，多了一些内容。
上图为msa的结果，可以发现两个序列最后对齐，少的地方用—填补。
利用pymsaviz进行序列比对可视化
安装
conda install -c conda-forge -c bioconda pymsaviz
实际操作
from pymsaviz import MsaViz
mv = MsaViz(r"E:\markdown\多序列比对可视化\rpl16.pro.msa.fa", wrap_length=80, show_count=True,show_consensus=True)
mv.plotfig()
其中wrap_length为每一行所展示的氨基酸的个数
show_count，展示每行氨基酸数目
show_consensus，展示每一列所含有的最多的氨基酸，即底下的柱状图。
结果如下：
进阶操作
from pymsaviz import MsaViz
mv = MsaViz(r"E:\markdown\多序列比对可视化\rpl16.pro.msa.fa", wrap_length=80, show_count=True,show_consensus=True)
##在30 40-50 以及55 处打上标记
mv.add_markers([30, (40, 50), 55], color="green", marker="+")
##在110到113加上注释
mv.add_text_annotation((110, 113), "Gap Region", text_color="red", range_color="red")
mv.plotfig()
总结
pymsaviz作为一个简单的多序列比对小工具，是十分简单以及高效的，但是要注意，pymsaviz对于核苷酸并不是十分友好，建议大家只使用氨基酸序列。
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