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10人共享服务器免费代码1-单细胞常见分析

2026-08-26 21:51:40

10人共享服务器免费代码1-单细胞常见分析

今天给大家详细介绍一下10人共享服务器免费代码1的相关内容，在介绍之前，我们先介绍一下10人共享服务器的配置

默认88个线程，512G运行内存。10个账户共用一台服务器。硬盘默认1T以内，尽量不要在服务器上存储数据，容易出现问题。

该代码并不属于文章复现，只是将单细胞常见分析做了一个归纳和整理，总共分了14个文件夹

第一个文件夹，主要是进行单细胞质控、过滤、聚类、降维、亚群注释，差异基因的筛选，关键基因的富集分析。

第二个文件夹：为第一个文件夹的补充部分，主要是进行去双细胞分析，在单细胞分析中，由于样本和操作过程，可能会导致双细胞或者是多细胞聚类出现，在第一步过滤中，并未去除，这里可以选择进行第二个文件功能，完成去双细胞/多细胞聚体的工作。

第三个文件夹：为第一个文件夹的补充部分，主要是进行去批次，在单细胞分析中，非生物学因素造成的批次效应会对分析结果解析造成偏移。

以不同样本分布的tsne图/umap图评估去批次的好坏。

第四个文件夹：cellchat细胞通讯分析，主要用于研究细胞和细胞相互交流的工具。

第五个文件夹：cellphonedb细胞通讯分析，主要用于研究细胞和细胞相互交流的工具。这一步用到的python的环境，目前已经配置完成，函数进行了封装，操作非常简单，全程在Rstudio界面进行，无语多个界面来回跳转。

第六个文件夹：monocle3轨迹分析，主要用于研究不同亚群发育轨迹状态。需要指定root根的位置。

第七个文件夹：R版本的scenic转录因子预测，这一步运行速度非常慢

第八个文件夹：python版本的scenic转录因子预测，这一步主要是使用python进行分析的，环境已经配置好，并对功能进行封装，做成了一个函数，可以直接运行，不用R和python界面来回切换。

第九个文件夹：infercnv专门用来预测恶性细胞，这一步运行比较慢，需要正常细胞作为参考，一般选择免疫细胞

第十个文件夹：scFEA代谢富集分析，已配置好python环境，并封装好函数，直接一键运行即可

第十一个文件夹：ReactomeGSA富集分析，需要用到在线数据库，有时候运行会报错

第十二个文件夹：scMetabolism代谢分析，运行速度很快。

第十三个文件夹：DEsingle差异分析，这里需要注意的是，他比较的两个分组中某一个细胞的差异基因。

第十四个文件夹：scTenifoldpy虚拟基因敲除，这里是用python进行分析，只需要将CD3D和CD3E的基因名换成自己想要敲除的基因名即可，拿到差异基因后，后续可以单独在进行富集分析。这里对功能进行封装，一键操作运行，简单快捷。

如何免费获取代码，只需购买10人共享服务器即可免费获取，购买前需咨询小白（微信：ShenxinBS001），机器上架时间，10人共享服务器不一定是现机哈！

官网链接：https://www.ezygene.com/shared

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