Singularity安装(Linux系统)

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在生物信息学领域，数据处理和分析任务日益复杂，对计算资源的需求也越来越高。为了提高研究效率、确保环境一致性和可重复性，容器技术应运而生。Docker和Singularity作为两种主流的容器解决方案，在生信领域得到了广泛应用。本文将简单介绍Singularity的安装过程。

安装singularity 需要联网，安装过程中需要下载文件

1.安装依赖

注意：需要root权限

Ubuntu系统：

apt-get update
#--------------------
apt-get install -y \
build-essential \
uuid-dev \
libgpgme-dev \
squashfs-tools \
libseccomp-dev \
wget \
pkg-config \
git \
cryptsetup-bin

Centos系统：

yum groupinstall -y 'Development Tools'
#--------------------------------------
yum install -y epel-release
#--------------------------------------
yum install -y \
libseccomp-devel \
squashfs-tools \
cryptsetup \
wget git

2.安装 GO 语言

singularity使用Go编写，需要先安装Go语言环境。

在 go官网：https://golang.org/dl/ 下载合适版本的Go至~（用户家目录下）。并添加到环境变量中。

mkdir singularity
cd singularity
wget -c https://go.dev/dl/go1.20.linux-amd64.tar.gz
#-----------------------------------------------------
tar -C ~ -xzf go1.20.linux-amd64.tar.gz
#-----------------------------------------------------
vi ~/.bashrc
# 添加go路径：
export PATH=$PATH:~/go/bin/
# 更新
source ~/.bashrc
#-----------------------------------------------------
# 测试go版本：
go version

备注：singularity3.0以上的版本需要下载Go 1.13以上的版本。比如本教程下载了go1.20.linux-amd64.tar.gz版本。

3.安装singularity

官网下载地址：https://github.com/hpcng/singularity/releases