当我讲linux时会讲些什么?

写在开头

今天也是和师妹在组内完成了第一次的授课分享啦！

师妹分享了SnapGene的使用技巧

而我基于生信入门班课程学习到的Linux基础部分，给大家分享了linux基础。那一起来看看我都讲了啥叭！

第一部分：初识服务器

服务器不是一个神秘的黑盒，它只是一个没有图形界面、更严谨的电脑。

1. 文件结构：从 C 盘到根目录

• Windows 逻辑：以磁盘驱动器（C:、D:）为顶层。

• Linux 逻辑：“一切皆文件” 。所有东西都长在一棵树上，树根就是根目录 /。

• 家目录 (~)：这是你在服务器上的“卧室”，登录时的默认位置。
• 普通用户在 /home/用户名下。

警告：除了家目录，其他地方（如根目录）的文件不要乱动，否则可能导致系统崩溃。

2. 核心规则：空格是 Linux 的灵魂

命令模板：命令 + [选项] + [参数/文件]。 例如：ls -l /home。命令和参数之间必须有空格。

3.登录服务器：打开termius，新建host 依次填写IP地址，ssh的端口号，以及用户名和密码，然后点击connect

登录进入到自己的页面之后，输入passwd修改密码，建议：自己的名字拼音，间隔加上出生年月，要创建复杂且能自己记住的密码，防止服务器被攻击！

passwd

执行流程如下：

1.Current password: 输入当前的默认密码（输入时屏幕不会显示任何字符，这是正常的安全保护机制）。

2.New password: 输入你想要设置的新密码。

3.Retype new password: 再次输入新密码进行确认。

常用 Linux 命令

1. 导航与查看（我在哪？有什么？）

• pwd：我在哪？（打印当前工作目录）。

• ls：这儿有什么？。

ls                ## 列出当前目录的文件
ls  ./            ## 同上，‘.’号代表当前目录
ls  ./*txt        ## 列出当前目录下以 txt 结尾的文件
ls  ../         ## 列出上层目录的文件
ls  -a            ## 列出当前目录下的所有文件，包括隐藏文件
ls  -l            ## 列出当前目录下文件的详细信息

• cd：去哪儿。

cd  ..       ## 切换到上层目录，相对路径
cd  /        ## 切换到根目录
cd  -        ## 返回上一次的工作目录
cd  ~        ## 回到用户家目录
cd## 同上，回到用户家目录

2. 文件操作（增删改查）

• mkdir：建文件夹 。建议加 -p 参数递归创建。

mkdir -p project/data # 递归创建多级文件夹
touch readme.txt      # 新建一个空文件

• cp：复制粘贴。拷贝文件夹必加 -r。
• mv：移动或重命名 。
• rm：极度危险 ！删除文件夹加 -r。
• cat / less：看文件内容 。less 适合看大数据文件，按 q 退出。

cp readme.txt data/   # 复制文件
mv data project/src   # 移动文件夹并更名
rm -r project/src     # 递归删除文件夹（慎用！）

3. 查看与下载资源

cat readme.txt                       # 将内容打印到屏幕
less -S long_data.txt                # 单行不换行查看大文件，按 q 退出

4. tar：压缩与解压文件

## 解压
tar  -zxvf  Data.tar.gz

## 压缩
tar  -zcvf  Data.tar.gz    Data  ...

生信工具箱——Conda 环境管理

可以把 Conda 理解为生信界的“应用商店”。

1. 为什么必须用 Conda？

• 隔离性：不同软件可能需要不同版本的 Python（比如 A 要 2.7，B 要 3.8）。
• “笼子”理论：应该把软件关在不同的“小环境（笼子）”里，不要弄乱服务器的“大环境（base）”。

2. 安装与配置（以国内镜像为例）

下载：使用 wget -c 从清华镜像站下载 Miniconda 安装包。

mkdir software                                                             # 创建文件夹
cd software                                                                    # 进入文件夹
wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  # 下载最新版本的Miniconda3
 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh                                         # 运行安装Miniconda3软件（该软件的功能类似于App仓库、应用商店）
source ~/.bashrc                                                               # 完成初始化，用户名前出现（base）表述安装和初始化成功。

安装：运行 bash Miniconda3-xxx.sh，一路输入 yes 或按回车即可。

配置镜像（加速）：添加 conda-forge 和 bioconda 频道。

# 二、软件安装通道管理
conda config --add channels bioconda                                            # 生物软件
conda config --add channels conda-forge                                         # Highest priority
conda config --show-sources

3.三步走：搭建你的实验环境

• 建环境：conda create -n sc（建一个叫 sc 的小环境）。
• 进环境：conda activate sc。
• 装软件：conda install numpy pandas。

conda create -n sc python=3.10  # 创建名为 sc 的 Python 3.10 环境
conda activate sc               # 激活（进入）环境
conda install numpy pandas      # 在当前环境安装软件
conda deactivate                # 退出当前环境
conda remove -n sc --all        # 删除整个环境

给新人的温馨建议

• 活用 Tab 键：它是 Linux 里最常用的键，能自动补全命令和路径。

• 报错不要慌：大部分报错（如 CondaHTTPError）通常是网络问题，多试几次或检查镜像配置。
• 学会求助：遇到命令不记得参数，直接输入 命令 --help 即可查看说明书。
• 善用人工智能：推荐使用gemini会更加准确一些
• 一些常见的查命令网站：https://www.linuxcool.com/

写在最后

hhh也是第一次尝试给师弟师妹们将linux基础，还记得当时读研的时候，也是师兄远程连线教我们画进化树，那时候觉得生信好神奇啊，捣鼓了好久终于画出进化树超级开心。

现在已经成长成为可以给师弟师妹们讲课的师姐啦，但还是会参考师兄讲的内容哈哈哈哈哈哈！