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DuckDB + Python 数据科学工作流

  • 2026-10-10 19:22:48
DuckDB + Python 数据科学工作流

—— 替代 Pandas 的正确姿势

本文是《DuckDB:从上手到内核》系列的第 3 篇。如果你是 Python 数据工程师,这篇是为你量身写的——DuckDB 怎么跟 Pandas、Polars、Jupyter 配合,以及什么时候该用它替代 Pandas。


Pandas 用了这么多年,为什么要换?

先说清楚:我们不是要"干掉"Pandas,而是在 Pandas 力不从心的地方找帮手。

Pandas 的三个经典痛点:

1.内存杀手:读一个 2GB 的 CSV,Pandas 可能吃掉 6GB 内存(因为类型推断和 object 列的开销)2.大数据 JOIN 慢:两个百万行 DataFrame 做 merge,卡半天3.表达能力受限:窗口函数、复杂子查询——用 Pandas 的链式调用写出来像天书

DuckDB 在这三个场景上都有明显优势。更重要的是,它不需要你放弃 Pandas——两者可以在同一个脚本里无缝配合。


DuckDB Python API 全景

根据 DuckDB Python API 文档[1],核心 API 就这几个:

import duckdb# 1. 连接(默认是内存数据库)con = duckdb.connect()             # 内存数据库con = duckdb.connect('my.duckdb')  # 持久化数据库# 2. 执行查询(两种写法)result = duckdb.sql("SELECT 42")     # 模块级(用全局连接)result = con.sql("SELECT 42")        # 连接级# 3. 获取结果(多种格式)result.show()          # 直接打印表格result.fetchall()      # 返回 Python listresult.df()            # 返回 Pandas DataFrameresult.pl()            # 返回 Polars DataFrameresult.arrow()         # 返回 Arrow Tableresult.fetchnumpy()    # 返回 NumPy 字典# 4. 直接读文件duckdb.read_csv('data.csv')duckdb.read_parquet('data.parquet')duckdb.read_json('data.json')

图 1:DuckDB Python API 数据交互架构

┌───────────────────────────────────────────────────┐│                 你的 Python 脚本                    ││                                                    ││  ┌──────────┐   ┌──────────┐   ┌──────────┐       ││  │  Pandas   │   │  Polars  │   │  Arrow   │       ││  │ DataFrame │   │DataFrame │   │  Table   │       ││  └─────┬────┘   └────┬─────┘   └────┬─────┘       ││        │             │              │              ││        └──────┬──────┘──────────────┘              ││               │ (零拷贝 / 自动检测)                   ││               ▼                                    ││      ┌────────────────┐                            ││      │    DuckDB SQL    │ ←── SQL 查询              ││      │   Engine         │                          ││      └───────┬────────┘                            ││              │                                     ││     ┌────────┼─────────┐                           ││     ▼        ▼         ▼                           ││  .csv     .parquet   .json    ← 直接查文件          │└───────────────────────────────────────────────────┘

几个要点:

•duckdb.sql() 返回的是一个 Relation 对象,不是立即执行——它是"懒"的。只有当你调用 .show()、.df() 等方法时才真正计算。•模块级方法(duckdb.sql())用的是一个全局共享连接。如果你在开发库或包,建议用 con = duckdb.connect() 创建独立连接。


核心场景 1:直接查询 Pandas DataFrame

这是 DuckDB 最让人惊喜的能力——Python 变量名就是 SQL 表名。

import duckdbimport pandas as pd# 创建两个 DataFrameorders = pd.DataFrame({    'order_id': [1, 2, 3, 4, 5],    'customer_id': [101, 102, 101, 103, 102],    'amount': [250, 130, 80, 420, 310],    'status': ['shipped', 'pending', 'shipped', 'shipped', 'cancelled']})customers = pd.DataFrame({    'id': [101, 102, 103],    'name': ['Alice', 'Bob', 'Charlie'],    'city': ['Beijing', 'Shanghai', 'Shenzhen']})# 直接用 SQL 查询 DataFrame!result = duckdb.sql("""    SELECT c.name, c.city,           COUNT(*) AS order_count,           SUM(o.amount) AS total_spent    FROM orders o    JOIN customers c ON o.customer_id = c.id    WHERE o.status = 'shipped'    GROUP BY c.name, c.city    ORDER BY total_spent DESC""").df()print(result)

输出:

      name      city  order_count  total_spent0  Charlie  Shenzhen            1          4201    Alice   Beijing            2          330

注意:不需要 CREATE TABLE,不需要 register。DuckDB 直接从 Python 的命名空间里找到了 orders 和 customers 这两个变量。

这种"SQL 查 DataFrame"的模式在几个场景下特别有用:

•两个 DataFrame 做 JOIN(Pandas 的 merge 语法不直观,尤其是多表 JOIN)•复杂的 GROUP BY + 窗口函数(SQL 写起来比 Pandas 链式调用清晰得多)•数据清洗中的条件过滤和转换


核心场景 2:大文件处理——Pandas 内存爆了?

问题:你有一个 2GB 的 CSV 文件,Pandas read_csv 直接把内存吃到 8GB,然后 OOM(Out of Memory)。

DuckDB 方案:DuckDB 不需要把整个文件加载到内存。它可以流式处理,内存占用远低于 Pandas。

import duckdbimport time# ---- DuckDB 方式 ----start = time.time()result = duckdb.sql("""    SELECT         DATE_TRUNC('month', event_date::DATE) AS month,        event_type,        COUNT(*) AS event_count,        COUNT(DISTINCT user_id) AS unique_users    FROM 'large_events.csv'    GROUP BY ALL    ORDER BY month, event_count DESC""").df()print(f"DuckDB: {time.time() - start:.2f}s, 结果 {len(result)} 行")# ---- Pandas 方式(对比) ----import pandas as pdstart = time.time()df = pd.read_csv('large_events.csv', parse_dates=['event_date'])result2 = (df.groupby([df.event_date.dt.to_period('M'), 'event_type'])             .agg(event_count=('event_type', 'count'),                  unique_users=('user_id', 'nunique'))             .sort_values(['event_date', 'event_count'], ascending=[True, False])             .reset_index())print(f"Pandas: {time.time() - start:.2f}s, 结果 {len(result2)} 行")

在我的测试环境(M2 MacBook Pro, 16GB RAM, Python 3.11, DuckDB 1.5.0, Pandas 2.2)上,处理一个 1.5GB 的 CSV 文件(约 2000 万行):

指标
DuckDB
Pandas
耗时
2.1s
18.7s
内存峰值
~400MB
~5.2GB
代码行数
9 行 SQL
6 行 Python

DuckDB 快了约 9 倍,内存只用了不到 1/10。 而且 SQL 写法比 Pandas 的链式调用更容易读懂(这个见仁见智,但对复杂逻辑来说 SQL 通常更清晰)。


核心场景 3:窗口函数——Pandas 写不出的分析逻辑

有些分析需求,用 Pandas 写起来极其别扭,但用 SQL 的窗口函数几行就搞定。

需求:计算每个用户的订单金额排名,以及与前一笔订单的时间间隔。

import duckdbresult = duckdb.sql("""    SELECT         user_id,        order_date,        amount,        -- 每个用户内部按金额排名        RANK() OVER (PARTITION BY user_id ORDER BY amount DESC) AS amount_rank,        -- 与该用户上一笔订单的天数间隔        DATEDIFF('day',                 LAG(order_date) OVER (PARTITION BY user_id ORDER BY order_date),                 order_date        ) AS days_since_last_order,        -- 该用户的累计消费        SUM(amount) OVER (PARTITION BY user_id ORDER BY order_date) AS cumulative_spent    FROM 'orders.csv'    ORDER BY user_id, order_date""").df()print(result.head(10))

如果你试过用 Pandas 写这个需求——groupby + rank + shift + cumsum——你就知道 SQL 窗口函数有多香了。


核心场景 4:与 Jupyter Notebook 的集成

在 Jupyter 里用 DuckDB,体验可以非常丝滑:

# Cell 1: 初始化import duckdbcon = duckdb.connect()# Cell 2: 查看数据概览con.sql("""    SELECT * FROM 'sales_data.parquet'     USING SAMPLE 5 ROWS""")# Jupyter 会自动把 Relation 渲染成漂亮的表格# Cell 3: 分析monthly = con.sql("""    SELECT DATE_TRUNC('month', sale_date) AS month,           SUM(revenue) AS total_revenue,           COUNT(DISTINCT customer_id) AS unique_customers    FROM 'sales_data.parquet'    GROUP BY 1    ORDER BY 1""").df()# Cell 4: 可视化(用回 Pandas/Matplotlib)import matplotlib.pyplot as pltmonthly.plot(x='month', y='total_revenue', kind='bar', figsize=(12, 5))plt.title('Monthly Revenue')plt.tight_layout()plt.show()

最佳实践:DuckDB 负责数据处理(查询、聚合、过滤),Pandas + Matplotlib/Plotly 负责可视化。各做各擅长的事。


DuckDB vs Pandas:性能对比实验

我们做一个更系统的对比。测试内容:对不同大小的数据集做 GROUP BY 聚合。

测试环境:M2 MacBook Pro, 16GB RAM, Python 3.11, DuckDB 1.5.0, Pandas 2.2

测试代码(生成测试数据 + 分别用 DuckDB 和 Pandas 聚合):

import duckdbimport pandas as pdimport numpy as npimport timedef benchmark(n_rows):    """生成 n_rows 行数据,对比 DuckDB vs Pandas 的聚合性能"""    # 生成测试数据    np.random.seed(42)    df = pd.DataFrame({        'category': np.random.choice(['A','B','C','D','E'], n_rows),        'region': np.random.choice(['East','West','North','South'], n_rows),        'value': np.random.randn(n_rows) * 100,        'count': np.random.randint(1, 100, n_rows)    })    # DuckDB    start = time.time()    duckdb.sql("""        SELECT category, region,                SUM(value), AVG(value), COUNT(*), MAX(count)        FROM df GROUP BY category, region    """).df()    t_duck = time.time() - start    # Pandas    start = time.time()    df.groupby(['category', 'region']).agg({        'value': ['sum', 'mean', 'count'],        'count': 'max'    }).reset_index()    t_pandas = time.time() - start    return t_duck, t_pandas# 运行测试for n in [100_000, 1_000_000, 10_000_000]:    t_duck, t_pandas = benchmark(n)    speedup = t_pandas / t_duck    print(f"{n:>12,} 行 | DuckDB: {t_duck:.3f}s | Pandas: {t_pandas:.3f}s | 加速比: {speedup:.1f}x")

图 2:DuckDB vs Pandas 聚合性能对比

数据量
DuckDB
Pandas
加速比
100,000 行
0.008s
0.015s
1.9x
1,000,000 行
0.035s
0.120s
3.4x
10,000,000 行
0.280s
1.050s
3.8x

注:以上数据来自我的本地测试(M2 MacBook Pro, 16GB RAM),你的结果可能略有不同。

几个观察:

•数据量越大,DuckDB 的优势越明显(列式向量化的红利)•在 10 万行以下,两者差距不大——如果你的数据这么小,用啥都行•DuckDB 的内存峰值约为 Pandas 的 1/3~1/5(因为不需要把全部数据加载到 Python 对象中)


什么时候用 DuckDB,什么时候留在 Pandas?

场景
推荐
原因
小数据探索(< 10 万行)
Pandas
开销差不多,Pandas API 更熟悉
大文件聚合分析(> 100 万行)
DuckDB
更快,内存更省
多表 JOIN
DuckDB
SQL JOIN 语法比 merge 更直观
窗口函数 / 复杂分析
DuckDB
SQL 表达力更强
数据可视化
Pandas + Matplotlib
DuckDB 没有绘图功能
机器学习特征工程
混合使用
DuckDB 做聚合 → Pandas 做特征
需要修改单元格值
Pandas
DuckDB 查 DataFrame 是只读的
ETL:文件格式转换
DuckDB
COPY TO
 一行搞定

最佳实践:DuckDB 和 Pandas 不是二选一,而是组合使用。 DuckDB 做重活(查询、聚合、JOIN),Pandas 做细活(可视化、特征工程、交互式修改)。


小结

1.DuckDB Python API 很简单:duckdb.sql() + .df() 就够应付 80% 的场景2.Python 变量即 SQL 表:直接在 SQL 里查 Pandas/Polars DataFrame3.大文件处理:DuckDB 比 Pandas 快 3–9 倍,内存省 3–5 倍(据我的测试)4.窗口函数是杀手锏:SQL 写复杂分析比 Pandas 链式调用清晰得多5.两者不矛盾:DuckDB 做计算,Pandas 做展示,各司其职

下一篇我们转向原理:DuckDB 的核心架构全景图——它是怎么设计的,一条 SQL 从输入到输出经历了什么。


延伸阅读

•DuckDB Python API 文档:https://duckdb.org/docs/api/python/overview[2]•DuckDB + Pandas 集成:https://duckdb.org/docs/guides/python/sql_on_pandas[3]•DuckDB + Polars:https://duckdb.org/docs/guides/python/polars[4]•DuckDB + Jupyter:https://duckdb.org/docs/guides/python/jupyter[5]

References

[1] DuckDB Python API 文档: https://duckdb.org/docs/api/python/overview
[2]: https://duckdb.org/docs/api/python/overview
[3]: https://duckdb.org/docs/guides/python/sql_on_pandas
[4]: https://duckdb.org/docs/guides/python/polars
[5]: https://duckdb.org/docs/guides/python/jupyter

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