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1. 核心说明文件

• README.md（说明）

2. 细胞注释字典（cell_annotation_dictionary/）

存放 MMRF 免疫图谱中 106 个独立细胞簇的注释说明文件，包含：

• 补充说明文档（.md/.pdf格式）
• 说明性 RMarkdown 文件（README.rmd）
  

3. 原始数据处理（processing_raw_data/）

• 涵盖原始单细胞数据的核心预处理流程，包含子模块：

• 环境 RNA 去除（Ambient_RNA_removal/）

• 双细胞检测（Doublet_detection/）

• 小鼠细胞去除（Mouse_cell_removal/）

• 轨迹构建（Trajectory_Construction/）

• 验证队列标签映射（Validation_Cohort_Label_Mapping/）

• 细胞元数据构建脚本（construct_cell_metadata.R）

• 模块说明文档（README.md）
  

4. 批量效应校正（batch_correction/）

• 批量效应校正的说明文档（README.md）
• 基于 harmony 算法、PC25 维度的校正脚本（harmony_PC25_github.R）
  

5. 论文图表（manuscript_figures/）

存放用于生成论文图表的代码，按图表编号分文件夹（figure_1/ 至 figure_7/），包含历史版本代码（LEGACY/）及说明文档（README.md）

突破性研究构建多发性骨髓瘤骨髓免疫图谱 为精准治疗提供新靶点

近日，一项发表于《Nature Cancer》的重磅研究成功构建了多发性骨髓瘤（MM）骨髓免疫微环境的单细胞免疫图谱，通过解析近 140 万个细胞的基因表达特征，揭示了免疫功能异常与疾病进展、预后的关键关联，为优化风险分层和开发新型免疫疗法提供了重要依据。该研究由多国科研团队联合开展，对 337 名新诊断患者的骨髓样本进行了系统分析。

多发性骨髓瘤作为全球第二大血液系统恶性肿瘤，尽管治疗手段不断进步，但仍难以治愈，每年美国新增病例超 3.5 万例，死亡人数达 1.2 万。此前研究多聚焦于肿瘤细胞自身的遗传异常，而骨髓免疫微环境对疾病发生和治疗响应的影响尚未明确。随着 CAR-T 细胞等免疫疗法的获批，解析骨髓中的免疫细胞动态成为破解治疗瓶颈的关键。

研究团队通过单细胞 RNA 测序技术，对 263 名发现队列患者的 114 万余个骨髓细胞和 74 名验证队列患者的 24 万余个细胞进行了深度分析，成功绘制出包含 T 细胞、NK 细胞、B 细胞、髓系细胞等多种免疫细胞的全景图谱。结果显示，基线骨髓微环境中 T 细胞占比最高，其中 CD8+ T 细胞占 30.51%，CD4+ T 细胞占 23.39%，同时鉴定出细胞毒性 CD4+ T 细胞等罕见细胞群体。

在细胞遗传学分析中，研究发现不同遗传异常对免疫细胞的影响存在显著异质性。其中 17p13 缺失患者表现出独特的 I 型干扰素信号富集特征，而 1q21 扩增和 NSD2 易位患者则出现 CD4 + 干扰素反应性记忆细胞减少。值得关注的是，高风险患者中 CD8+ HLA + 效应 T 细胞的富集与不良预后密切相关，其总体生存率显著降低。

疾病进展相关分析揭示了快速进展者的核心免疫特征：与持续缓解 4 年以上的患者相比，18 个月内疾病进展的患者骨髓中 CD4+ T 细胞和 B 细胞数量减少，髓系细胞和浆细胞比例升高，且存在促炎免疫衰老相关分泌表型。快速进展者的 CD8+ T 细胞呈现终末分化特征，初始 T 细胞池枯竭，同时伴随 TIGIT、TOX 等耗竭标志物表达升高，提示免疫功能衰竭是疾病进展的重要驱动因素。

细胞间通讯分析发现，增殖诱导配体（APRIL）和 B 细胞成熟抗原（BCMA）介导的信号通路在肿瘤微环境中异常活跃，可能促进肿瘤细胞存活。此外，快速进展者的髓系细胞高表达 IFNγ 受体，而 IFNγ 信号通路的过度激活与不良预后相关，成为潜在治疗靶点。

研究的核心突破在于建立了整合免疫特征、细胞遗传学和临床指标的预后预测模型。该模型在验证队列中表现出优异性能，预测无进展生存期的 AUC 值高达 0.94，显著优于传统临床指标联合细胞遗传学的预测模型（AUC=0.73）。其中 11 个关键免疫亚群（包括 CD8 + 效应 T 细胞、炎症性髓系细胞等）构成的最小签名集，为开发简化的临床检测方法奠定了基础。

该免疫图谱揭示了骨髓免疫微环境在多发性骨髓瘤中的关键作用，即使在遗传背景良好的患者中，免疫衰老和炎症微环境也可能导致不良结局。

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