GSAman | Linux下使用GSAman矫正基因结构注释

写在前面

理念与实践，同等重要。因为理念可以指导实践，没有理念指导的实践，成功率堪忧，也常常让我们多走弯路。很多人都会用conda，mamba等等。但这类包管理器从某个角度来说是解决了一个环境的问题。然而对于绝大多数生物信息学数据分析人员来说，我们往往更需要的是针对某个项目，建立具体的软件依赖环境。从软件规则上来规范我们的行为，从某个角度来说，挺好。因此，尝试用pixi。认为挺好。推荐使用。

下载与安装

curl -fsSL https://pixi.sh/install.sh | sh或wget https://pixi.sh/install.shsh install.sh

安装完成后，增加一些命令补全项，直接修改~/.bashrc

# ~/.bashrceval "$(pixi completion --shell bash)"

补充软件源

pixi config set default-channels '["conda-forge", "bioconda"]' --global

使用

直接进入具体的项目目录

cd /share/home/chengjie_chen/GSAman/IGV-dist

随后进行初始化

pixi init

需要什么软件，就类似conda安装即可

pixi init# 补充bioconda channelpixi workspace channel add bioconda

填写和安装依赖

pixi add ucsc-blatpixi add flashpixi add mirapixi add augustus# pixi add viennarna# pixi install

使用模式一、 直接使用程序

# 运行（在 pixi 环境里）pixi run blatpixi run mira

使用模式二、进行隔离环境后使用

pixi shell# 启动 GSAman./igv_hidpi.sh