在Linux中安装omicverse / OmicClaw,Bulk RNA和单细胞分析“信手捏来”?

一边学习，一边总结，一边分享！

我们这里使用的是西柚服务器，他们的下载网络确实很快，有国际专线，前面我们在zenodo数据中下载T2T泛基因组，轻轻松松搞定，2026年Pan-genome可能作为顶刊的一个方向，如何快速下载T2T-Pan-genome数据？。春节期间，可领取200元立减券：西柚云服务器立减优惠活动，或输入优惠码：BioinfoDu。

网址：

https://dayu.xiyoucloud.net/dayu/api/v1/anonymous/affiliate/BioinfoDu

在2024年，原班团队在NC发表OmicVerse工具，也是OmicClaw的V1版本。

2026年，该团队在BioRixv发表预研版本，OmicClaw，对应的是OmicVerse v2版本。

OmicVerse v2可以自动完成bulk RNA-seq、单细胞、空间转录组、可视化、模型分析与 AI 辅助工作流

代码资源

https://github.com/Starlitnightly/omicverse/

中文教程

https://github.com/Starlitnightly/omicverse/blob/master/READMEM/README_CN.md

在Linux中安装教程

该转软件可以在Windows、MAC、Linux系统中安装，本次教程，我们仅在Linux系统中操作。

中文帮助文档：

https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/Installation_guide_zh/

1. 创建一个单独的omicverse环境

conda create -n omicverse python=3.10# or mamba create -n omicverse python=3.10

mamba activate omicverse

2. PyTorch and PyTorch Geometric (PyG)

# For CUDA support (check your CUDA version with 'nvcc --version')conda install pytorch torchvision torchaudio pytorch-cuda=11.8 -c pytorch -c nvidia# OR for CPU-only installationconda install pytorch torchvision torchaudio cpuonly -c pytorch# Install PyTorch Geometricconda install pyg -c pyg

安装速度，取决你的网速，需要下载大量的数据。我们使用的是西柚云的服务器，下载速度在15-20Mb/s，春节期间，可领取200元立减券：西柚云服务器立减优惠活动，或输入优惠码：BioinfoDu。

3. 安装 OmicVerse:

conda install omicverse -c conda-forge

4. 验证安装:

python -c "import omicverse"

此外，开发者也提供了快速安装的指令

国内用户加速版本：

# 仅适用于 Linux（国内加速）curl -sSL https://starlit.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/single/install.sh | bash -s

该脚本会自动： - 设置适当的环境 - 为您的系统安装正确的 PyTorch 版本 - 安装所有必需的依赖项 - 为您的硬件优化配置 OmicVerse

自从进行安装，无需我们做任何操作。

注意：在使用快速安装前，我们需要创建一个新的环境，且python的版本需要指定为3.10或3.11

conda create -n omicverse python=3.10# or mamba create -n omicverse python=3.10

conda activate omicverse

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后续将是漫长的等待，安装速度取决于你的网速。

安装成功！

OmicVerse Web

开发者也提供了直接在配置在服务器上的OmicVerse Web

Github仓库：

https://github.com/Starlitnightly/omicverse-web?tab=readme-ov-file#13-ai-agent

OmicVerse Web使用教程帮助文档：

https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/omicverse_web_tutorial/

1. 安装

方式一：PyPI 安装（推荐）

pip install omicverseweb

方式二：从源码仓库安装

git clone https://github.com/Starlitnightly/omicverse-web.gitcd omicverse-webpip install -e .

推荐：在独立的 conda 环境中安装，避免依赖冲突。

conda create -n omicverse python=3.10conda activate omicversepip install omicverseweb

2. 启动服务安装完成后，在终端执行：

omicverse-web

服务默认在 http://localhost:5050 启动（端口被占用时自动顺延至 5051、5052 …）。看到以下输出即表示启动成功：

* OmicVerse Web running on http://localhost:5050

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