Gromacs模拟后分析代码实操

2026-02-03 17:11:17

#导出去除水的轨迹以及蛋白文件echo 'non-water' | gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -o md_nowater.xtcecho 'non-water' | gmx trjconv -f md.gro -s md.tpr -o md_nowater.gro

产生去掉水的轨迹以及结构文件

②查看能量温度压力密度变化等

#查看能量温度压力密度变化等echo -e "Potential\nTemperature\nPressure\nDensity\n" | gmx energy -f md.edrecho -e "Protein\nSystem" | gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_noPBC.xtc -pbc mol -center

③RMSD

#RMSD echo -e 'backbone \n backbone' | gmx rms -s md.tpr -f md.xtc -o rmsd.xvg -tu ns

rmsd.xvg的文件

④RMSF

#RMSFecho 'protein' | gmx rmsf -f md.xtc -s md.tpr -o rmsf.xvg -res

应该有

⑤RG

#RG 径向函数echo -e 'Protein' | gmx gyrate -s md.tpr -f md.xtc -o rg.xvg -tu ns

⑥二级结构

#second structionecho -e "Protein" | gmx dssp -f md.xtc -s md.tpr -num sec_str.xvg

Xmgrace查看注意加上参数-nxy

xmgrace -nxy sec_str.xvg

⑦SASA

#SASA  xmgrace -nxy area.xvgecho "protein" | gmx sasa -f md.xtc -s md.tpr -o sasa.xvg -tu ns

⑧自由能形貌图

# 步骤1: 协方差分析echo -e 'C-alpha \n C-alpha \n' | gmx covar -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -o eigenvalues.xvg -v eigenvectors.trr -xpma covapic.xpm# 步骤2: 计算第一主成分投影echo -e 'C-alpha \n C-alpha \n' | gmx anaeig -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -v eigenvectors.trr -first 1 -last 1 -proj pc1.xvg# 步骤3: 计算第二主成分投影echo -e 'C-alpha \n C-alpha \n' | gmx anaeig -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -v eigenvectors.trr -first 2 -last 2 -proj pc2.xvg# 步骤4: 提取pc2数据并与pc1组合awk '{print $2}' pc2.xvg > pc2_values.txtpaste pc1.xvg pc2_values.txt > pc12_shaminput.xvg# 步骤5: 计算自由能形貌图gmx sham -tsham 300 -nlevels 300 -f pc12_shaminput.xvg -ls pc12_gibbs.xpm -g pc_12.log -lsh pc12_enthalpy.xpm -lss pc12_entropy.xpm# 步骤6: 转换为其他格式（如果xpm2all.bsh存在）if [ -f "xpm2all.bsh" ]; then source xpm2all.bsh pc12_gibbs.xpm; else echo "xpm2all.bsh 文件不存在，跳过转换"; fi