easySCFr | 一行代码读取空间转录组h5为seurat对象

前面一篇分享了一个读取单细胞数据的工具，有人提到空间转录组是否可用。那么，今天就来分享一个可以快速读取空间转录组h5文件为seurat对象的工具，过程也是相当简单。

library(easySCFr)obj <- loadH5('stxBrain.h5', assay='Spatial', image_name='anterior1', calData=F, calScale=F, calFeatures=F)

将h5文件读取为seurat对象只一行代码就可以搞定，如果需要其他软件的格式，可以通过readType参数修改，可选择类型为：Seurat、monocle2、monocle3、cellchat、SingleCellExperiment。cal开头的三个参数默认为开启状态，会进行一些预处理，建议还是关闭吧。

将对象保存为h5文件也是一行代码即可搞定：

saveH5(obj, assay='Spatial', image_name='anterior1', FileName='stxBrain.h5')

读取和保存相对重要的两个参数都是assay、image_name，决定了读取或保存哪些数据。并且，读取或者保存时image对象名和键名分别默认为Spatial、Spatial_，如果指定了image_name参数会替换默认值。虽然easySCFr很好用，但在面对多组学数据时就会显得有点力不从心。