期刊图片复现|Python绘制XGB+SHAP特征重要性条形图+蜂巢图+玫瑰图组合图

# =========================================================================================# ====================================== 1. 环境设置 =======================================# =========================================================================================import pandas as pdimport numpy as npimport xgboostimport shapimport matplotlib.pyplot as pltimport matplotlib.colors as mcolorsimport matplotlib.ticker as tickerfrom matplotlib.cm import ScalarMappablefrom sklearn.model_selection import train_test_splitfrom sklearn.preprocessing import StandardScalerfrom shap.plots import beeswarmfrom sklearn.model_selection import GridSearchCV

# =========================================================================================# ======================================2.颜色库=======================================# =========================================================================================COLOR_SCHEMES = {    1: ["blue", "#4B0082", "red"], }# 设置当前使用的颜色方案CURRENT_SCHEME_ID = 15

# =========================================================================================# ======================================3.特征重要性条形图和径向图/玫瑰图绘制函数=======================================# =========================================================================================def draw_bar_and_radial(sorted_features, sorted_shap_values, bar_colors, cmap, color_norm):    fig = plt.figure(figsize=(16, 15))#创建画布    # 画布边距    left_margin, right_margin, bottom_margin, top_margin = 0.08, 0.08, 0.12, 0.12    # 颜色条宽度    colorbar_width = 0.02    # 计算绘图区域的底部位置和高度    plot_bottom = bottom_margin    plot_height = 1.0 - bottom_margin - top_margin    # 颜色条的左侧位置    cbar_left = left_margin    #条形图的左侧位置    main_ax_left = cbar_left + colorbar_width + 0.04    #条形图的宽度    main_ax_width = 1.0 - main_ax_left - right_margin    # 添加颜色条的坐标轴    ax_cbar = fig.add_axes([cbar_left, plot_bottom, colorbar_width, plot_height])    # 颜色条下方文本    ax_cbar.text(0.5,                 -0.01,                 'Low'                 '', transform=ax_cbar.transAxes,                 ha='center',                 va='top',                 fontsize=24)    #去掉颜色条边框    cbar.outline.set_visible(False)    #颜色条标题    ax_cbar.text(-1.4,                 0.5,                 'Contribution for CEs ($10^4$ t)',                 transform=ax_cbar.transAxes,                 fontsize=24,                 rotation=90,                 va='center')

    ax_bar.xaxis.tick_bottom()# 条形图x轴刻度位置    ax_bar.xaxis.set_label_position("bottom")# 设置x轴标签位置    # 反转x轴方向    ax_bar.invert_xaxis()    # 绘制水平条形图    ax_bar.barh(y=range(len(sorted_features)),  # Y坐标                width=sorted_shap_values,  # 水平条形宽度                color=bar_colors,  # 条形颜色                height=0.6)  # 条形高度    # 反转y轴方向，使最重要的特征排在顶部    ax_bar.invert_yaxis()    # 设置x轴标签    ax_bar.set_xlabel('Contribution for CEs ($10^4$ t)', size=24, labelpad=20)    # 移除y轴刻度    ax_bar.set_yticks([])    # 去掉左侧和顶部边框    ax_bar.spines[['left', 'top']].set_visible(False)    # 设置右侧边框位置    ax_bar.spines['right'].set_position(('data', 0))    # 显示边框    ax_bar.spines['right'].set_visible(True)    ax_bar.spines['bottom'].set_visible(True)    # 设置x轴主刻度样式    ax_bar.tick_params(axis='x',  # X轴                       which='major',  # 应用于主刻度                       direction='in',  # 朝内                       labelsize=24,  # 刻度标签字体大小                       length=6,  # 刻度线长度                       pad=8)  # 标签与刻度线之间的距离    # 子图标签    ax_bar.text(0.02,                0.98,                '(a)',                transform=ax_bar.transAxes,                fontsize=30,                weight='bold',                ha='left',                va='top')

    inset_left = main_ax_left - 0.15# 径向图/玫瑰图的左侧位置    inset_bottom = plot_bottom - 0.05# 径向图/玫瑰图的底部位置    inset_size = min(main_ax_width, plot_height) * 0.85# 径向图/玫瑰图的大小    # 定义径向图/玫瑰图的矩形区域    inset_ax_rect = [inset_left, inset_bottom, inset_size, inset_size]    # 添加坐标轴作为径向图/玫瑰图    ax_radial_inset = fig.add_axes(inset_ax_rect, projection='polar')    # 背景透明    ax_radial_inset.patch.set_alpha(0)    # 计算每个特征占比百分比    percentages = (sorted_shap_values / sorted_shap_values.sum()) * 100    # 根据占比计算每个扇形的宽度    widths = (sorted_shap_values / sorted_shap_values.sum()) * 2 * np.pi    # 每个扇形的起始角度    thetas = np.cumsum([0] + widths[:-1].tolist()) - one_oclock_offset    # 绘制内部灰色扇形    ax_radial_inset.bar(x=thetas,  # 条形的起始角度位置                        height=inner_heights,  # 内部灰色部分的长度                        width=widths,  # 指定每个条形的角宽度                        color=inner_colors,  # 条形的填充颜色                        align='edge',  # 对齐方式为边缘对齐                        edgecolor='white',  # 条形边框的颜色为白色                        linewidth=1.5)  # 条形边框线的宽度    # 绘制外部彩色环形    ax_radial_inset.bar(x=thetas,                        height=[colored_ring_width] * num_vars,                        width=widths,                        bottom=inner_heights,                        color=bar_colors,                        align='edge',                        edgecolor='white',                        linewidth=1.5)    ax_radial_inset.set_yticklabels([])# 移除径向图的y轴标签    ax_radial_inset.set_xticklabels([])# 移除径向图的x轴标签    # 隐藏极坐标轴的脊柱    ax_radial_inset.spines['polar'].set_visible(False)    # 关闭网格    ax_radial_inset.grid(False)    ax_radial_inset.set_theta_zero_location('N')#正北方向    ax_radial_inset.set_theta_direction(-1)#顺时针    ax_radial_inset.set_ylim(0, max(total_lengths) + 2)# 半径范围

# =========================================================================================# ======================================4.SHAP蜂巢图函数=======================================# =========================================================================================def draw_native_beeswarm(shap_values, X, cmap):    plt.figure(figsize=(16, 15))# 创建画布    #绘制蜂巢图    shap.summary_plot(shap_values,  # SHAP值数据                      X,  # 对应的特征矩阵数据                      plot_type="dot",  # 蜂巢图                      show=False,  # 不立即显示                      cmap=cmap)  # 颜色映射    # 如果存在多个坐标轴    if len(plt.gcf().axes) > 1:        cbar_ax = plt.gcf().axes[-1]# 获取颜色条坐标轴        cbar_ax.set_ylabel('Feature Value', size=16, rotation=-90, labelpad=20)# 设置颜色条标签        cbar_ax.tick_params(labelsize=14)# 设置颜色条刻度标签大小    # 调整布局    plt.tight_layout()

# =========================================================================================# ======================================5.无Y轴标签的SHAP蜂巢图的函数=======================================# =========================================================================================def draw_beeswarm_no_labels(shap_values, X, cmap):    # 创建画布    plt.figure(figsize=(16, 15))    # 绘制蜂巢图    shap.summary_plot(shap_values,                      X,                      plot_type="dot",                      show=False,                      cmap=cmap)    # 获取当前坐标轴    ax_third_plot = plt.gca()    # 移除y轴刻度标签（特征名）    ax_third_plot.set_yticklabels([])    ax_third_plot.set_ylabel('')    # x轴标题    ax_third_plot.set_xlabel("SHAP Value (impact on model output)", fontsize=18)    # x轴刻度标签    ax_third_plot.tick_params(axis='x', labelsize=14)    # 处理颜色条（如果存在）    if len(plt.gcf().axes) > 1:        cbar_ax_third = plt.gcf().axes[-1]  # 获取当前图形对象列表中的最后一个坐标轴        cbar_ax_third.set_ylabel('Feature Value',  # Y轴名                                 size=16,  # 字体大小                                 rotation=-90,  # 旋转                                 labelpad=20)  # 文本与坐标轴之间的距离        cbar_ax_third.tick_params(labelsize=14)  # 字体大小    # 调整布局    plt.tight_layout()

# =========================================================================================# ======================================6.特征重要性条形图+蜂巢图+玫瑰图组合图绘制函数=======================================# =========================================================================================def draw_combined_plot(sorted_features, sorted_shap_values, shap_values, bar_colors, cmap, color_norm):    # 创建画布    fig_combined = plt.figure(figsize=(34, 25))    # 定义边距和间距参数    left_margin, right_margin, bottom_margin, top_margin = 0.05, 0.05, 0.02, 0.1    space_between = 0.01# 左右子图之间的间距    plot_bottom = bottom_margin# 绘图区域的底部    plot_height = 1 - bottom_margin - top_margin# 绘图区域的高度    total_plot_width = 1 - left_margin - right_margin - space_between# 宽度    # 颜色条坐标轴    ax_cbar_new = fig_combined.add_axes([cbar_left, plot_bottom, colorbar_width, plot_height])    # 创建ScalarMappable对象，用于颜色映射    sm = ScalarMappable(cmap=cmap, norm=color_norm)    # 绘制颜色条    cbar = fig_combined.colorbar(sm,                                 cax=ax_cbar_new,                                 orientation='vertical')    # 设置标签    cbar.set_label('', size=18, labelpad=5)    # 移除刻度    cbar.set_ticks([])    # 设置刻度位置    # 去掉边框    cbar.outline.set_visible(False)    # 颜色条标题    ax_cbar_new.text(-1.4, # x坐标                     0.5, # y坐标                     'Contribution for CEs ($10^4$ t)', # 文本内容                     transform=ax_cbar_new.transAxes, # 使用相对坐标                     fontsize=30, # 字体大小                     rotation=90,# 旋转90度                     va='center')    # 左侧条形图的位置    main_ax_left = cbar_left + colorbar_width + 0.05    # 添加条形图坐标轴    ax_bar_new = fig_combined.add_axes([main_ax_left,#左                                        plot_bottom, # 下                                        left_plot_width, # 宽度                                        plot_height]) # 高度    # x轴刻度在底部    ax_bar_new.xaxis.tick_bottom()    # 设置x轴标签    ax_bar_new.xaxis.set_label_position("bottom")    # 反转x轴    ax_bar_new.invert_xaxis()    # 绘制水平条形    ax_bar_new.barh(y=range(len(sorted_features)), # 数据                    width=sorted_shap_values, # 条形宽度                    color=bar_colors, # 颜色                    height=0.6) # 条形高度    # 反转y轴    ax_bar_new.invert_yaxis()    # 设置x轴标题    ax_bar_new.set_xlabel('Contribution for CEs ($10^4$ t)',size=30, labelpad=20)    ax_bar_new.spines['right'].set_visible(True)    ax_bar_new.spines['bottom'].set_visible(True)    # 主刻度样式    ax_bar_new.tick_params(axis='x',#轴                           which='major', # 主刻度                           direction='in', # 朝内                           labelsize=30, # 标签大小                           length=6, # 刻度长度    # 图标签    ax_bar_new.text(0.02,# x坐标                    0.98, # y坐标                    '(a)', # 文本内容                    transform=ax_bar_new.transAxes, # 使用相对坐标                    fontsize=30, # 字体大小                    weight='bold', # 字体加粗                    ha='left', # 水平左对齐                    va='top') # 垂直顶部对齐

    num_vars = len(sorted_features) # 特征数量    # 百分比    percentages = (sorted_shap_values / sorted_shap_values.sum()) * 100    # 每个扇形的宽度    widths = (sorted_shap_values / sorted_shap_values.sum()) * 2 * np.pi    # 设置基础长度、增量和彩色环宽度    base_length, fixed_increment, colored_ring_width = 3.0, 0.5, 2.0    # 每个扇形的总长度    total_lengths = [base_length + i * fixed_increment for i in range(num_vars)]    # 内部灰色部分的高度    inner_heights = [max(0, tl - colored_ring_width) for tl in total_lengths]    # 定义内部颜色列表    inner_colors = ['#EAEAEA', '#FFFFFF'] * (num_vars // 2 + 1)    # 截取对应数量的颜色    # 定义插图矩形区域    inset_ax_rect = [inset_left,inset_bottom, inset_size, inset_size]    # 添加径向极坐标轴    ax_radial_inset_new = fig_combined.add_axes(inset_ax_rect, projection='polar')    # 背景透明    ax_radial_inset_new.patch.set_alpha(0)    # 绘制内部背景条    ax_radial_inset_new.bar(x=thetas,#角度                            height=inner_heights, # 高度                            width=widths, # 宽度                            color=inner_colors, # 颜色                            align='edge', # 对齐方式                            edgecolor='white', # 边缘颜色                            linewidth=1.5) # 线宽    # 绘制外部彩色条    ax_radial_inset_new.bar(x=thetas,#角度                            height=[colored_ring_width] * num_vars, # 高度                            width=widths, # 宽度                            bottom=inner_heights, # 底部起始位置                            color=bar_colors, # 颜色                            align='edge', # 对齐方式                            edgecolor='white', # 边缘颜色                            linewidth=1.5) # 线宽    ax_radial_inset_new.spines['polar'].set_visible(False)    # 隐藏网格    ax_radial_inset_new.grid(False)    ax_radial_inset_new.set_theta_zero_location('N')# 正北    ax_radial_inset_new.set_theta_direction(-1)# 顺时针    ax_radial_inset_new.set_ylim(0, max(total_lengths) + 2)# 半径范围

    # 右侧蜂巢图位置    right_plot_left = main_ax_left + left_plot_width + space_between    # 添加蜂巢图坐标轴    ax_beeswarm = fig_combined.add_axes([right_plot_left, plot_bottom, right_plot_width, plot_height])    # 绘制蜂巢图    beeswarm(shap_values,#数据             max_display=len(sorted_features), # 最大显示特征数             ax=ax_beeswarm, # 指定坐标轴             show=False, # 不立即显示             color=cmap, # 颜色映射             plot_size=None) # 不自动调整大小    ax_beeswarm.set_yticklabels([])# 移除y轴标签    ax_beeswarm.set_ylabel('')# 移除y轴标题        # 刻度标签大小        cbar_ax_right.tick_params(labelsize=30)

# =========================================================================================# ======================================4.执行部分=======================================# =========================================================================================if __name__ == '__main__':    # 读取数据    data_df = pd.read_excel(r'data.xlsx')    # 定义目标变量    target_column_name = 'Target_y'    # 提取目标变量数据    y = data_df[target_column_name]    # 提取特征变量数据（删除目标列）    X = data_df.drop(columns=[target_column_name])    # 获取所有特征名称并转换为列表    feature_names = X.columns.tolist()    # 划分训练集和测试集    X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.2, random_state=42)    # 初始化回归模型    xgb_reg = xgboost.XGBRegressor(objective='reg:squarederror', random_state=42)    # 网格搜索    grid_search = GridSearchCV(estimator=xgb_reg, param_grid=param_grid, cv=5, scoring='neg_mean_squared_error',n_jobs=-1, verbose=2)    grid_search.fit(X_train_df, y_train)    # 获取搜索到的最佳模型    best_model = grid_search.best_estimator_    print(f"找到的最佳参数: {grid_search.best_params_}")

# 最佳模型    model = best_model    # 创建SHAP树解释器对象，用于解释模型    explainer = shap.TreeExplainer(model)    # 计算测试集数据的SHAP值    shap_values = explainer(X_test_df)    # 计算所有样本SHAP绝对值的平均值，衡量特征整体重要性    mean_abs_shap = np.abs(shap_values.values).mean(axis=0)    # 创建包含特征重要性数值的Series，索引为特征名    shap_series = pd.Series(mean_abs_shap, index=feature_names)    # 对特征重要性进行降序排序    shap_series.sort_values(ascending=False, inplace=True)    # 生成每个条形对应的具体颜色值    bar_colors = cmap(color_norm(sorted_shap_values))    print(pd.DataFrame(shap_values.values[:5, :3], columns=feature_names[:3]).round(4))    print("\n测试集特征平均重要性 (Mean |SHAP|):")    print(np.round(sorted_shap_values, 4))    # 调用函数绘图    draw_bar_and_radial(sorted_features, sorted_shap_values, bar_colors, cmap, color_norm)    draw_native_beeswarm(shap_values, X_test_df, cmap)    draw_beeswarm_no_labels(shap_values, X_test_df, cmap)    draw_combined_plot(sorted_features, sorted_shap_values, shap_values, bar_colors, cmap, color_norm)

CURRENT_SCHEME_ID = 15

2.设置绘图结果的保存地址：

plt.savefig(fr'shap_bar_radial{CURRENT_SCHEME_ID}.png', dpi=208, bbox_inches='tight')plt.savefig(fr'shap_bar_radial{CURRENT_SCHEME_ID}.png', dpi=208, bbox_inches='tight')

data_df = pd.read_excel(r'simulated_data.xlsx')

4.设置目标变量：

target_column_name = 'Target_y'

param_grid = {    'n_estimators': [100, 200],}