| I. Python 基础与 R→Python 迁移 | | |
| | String:index、slice、字符串方法、DNA/RNA 序列 |
| | List / Tuple:序列容器、mutable / immutable、引用与复制 |
| | Dictionary / Set:key-value、去重、membership |
| | 控制流程:if / for / while / range / enumerate |
| | Pythonic iteration:comprehension、zip、迭代思维 |
| | Function:参数、return、scope、异常处理 |
| | 文件与路径:with open、pathlib、文本解析 |
| | FASTA / FASTQ:parser、generator、大文件流式处理 |
| | Module / package / collections:Counter、defaultdict、科研脚本组织 |
| | NumPy:ndarray、indexing、shape、dtype、vectorization |
| | NumPy 高维数据:axis、broadcasting、matrix、boolean indexing |
| | Pandas:DataFrame、筛选、groupby、merge;R/tidyverse 对照 |
| IV. Genomics algorithms & assembly | | Sequence algorithms:GC、motif、Hamming、translation、ORF |
| | k-mer:生成、计数、频率、Counter、复杂度 |
| | Graph:adjacency list、degree、overlap graph、de Bruijn graph |
| | Genome assembly:Eulerian cycle/path、sequence reconstruction |
| | Genomics Python 实战:Biopython、FASTA/FASTQ/BED/VCF/BAM 思维 |
| | NumPy → PyTorch:Tensor、sequence encoding、Dataset/DataLoader |
| | Genomic deep learning:MLP/CNN/Attention/Transformer + 综合项目 |