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Python绘制GAM模型非线性交互效应等高线热力图(带有峰值区间和谷值区间)

  • 2026-10-11 06:12:10
Python绘制GAM模型非线性交互效应等高线热力图(带有峰值区间和谷值区间)

代码绘制成果展示

论文:Global assessment in the effect of urban built-up environment on cooling efficiency of green spaces
论文原图
采用广义加性模型(GAM)来捕捉BD、BH和CE之间的非线性关系。GAM 结合了广义线性模型和非参数回归的优势。通过允许以非线性方式表示每个变量的影响,GAM 提供了更大的建模灵活性,可以显著提高复杂数据的模型拟合度。此外,GAM 的加性结构能够在分离每个变量的独立效应的同时,纳入交互效应,从而确保模型结果的科学性和可解释性。选取了GAM拟合的CE值90%~100%和0%~10%的区间作为峰值区间和谷值区间。为了避免过度平滑导致结果不确定性,排除了BD和BH值分别处于极高(≥95%)和极低(≤5%)的CE值区间。
仿图
多种配色

代码解释

第一部分

库的导入以及字体设置
# =========================================================================================# ====================================== 1. 库的导入 =========================================# =========================================================================================import numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltimport pandas as pdimport osfrom sklearn.metrics import mean_squared_error, r2_scorefrom sklearn.model_selection import train_test_splitfrom pygam import LinearGAM, te, simport matplotlibmatplotlib.rcParams['pdf.fonttype'] = 42matplotlib.rcParams['ps.fonttype'] = 42plt.rcParams['font.family'] = 'Times New Roman'plt.rcParams['axes.unicode_minus'] = False

第二部分

颜色库的设置以及配色方案的选择、获取
# =========================================================================================# ====================================== 2. 颜色库=================================# =========================================================================================COLOR_SCHEMES = {    1: ["#2c7bb6", "#abd9e9", "#ffffff", "#fdae61", "#d7191c"],    2: ["#00441b", "#a1d99b", "#ffffff", "#bcbddc", "#756bb1"],    3: ["#0571b0", "#92c5de", "#ffffff", "#f4a582", "#ca0020"],    4: ["#8c510a", "#dfc27d", "#ffffff", "#80cdc1", "#018571"],    5: ["#762a83", "#af8dc3", "#ffffff", "#7fbf7b", "#1b7837"],    6: ["#c51b7d", "#de77ae", "#ffffff", "#a6d96a", "#1a9641"],    7: ["#404040", "#999999", "#ffffff", "#f4a582", "#ca0020"],    8: ["#3288bd", "#e6f598", "#ffffff", "#fee08b", "#fc8d59"],    9: ["#3288bd", "#66c2a5", "#ffffff", "#f46d43", "#9e0142"],    10: ["#3b4cc0", "#8c9dff", "#ffffff", "#ff8c8c", "#b40426"],    11: ["#238b45", "#66c2a4", "#ffffff", "#41b6c4", "#225ea8"],    12: ["#000004", "#51127c", "#ffffff", "#fc8961", "#fcfdbf"],    13: ["#440154", "#3b528b", "#ffffff", "#5ec962", "#fde725"],    14: ["#0d0887", "#7e03a8", "#ffffff", "#f89540", "#f0f921"],    15: ["#08519c", "#4292c6", "#ffffff", "#a1d99b", "#006d2c"],    16: ["#543005", "#bf812d", "#ffffff", "#80cdc1", "#003c30"],    17: ["#88419d", "#8c96c6", "#ffffff", "#bfd3e6", "#e0ecf4"],    18: ["#4575b4", "#74add1", "#ffffff", "#f46d43", "#d73027"],    19: ["#276419", "#7fbc41", "#ffffff", "#de77ae", "#c51b7d"],    20: ["#000000", "#525252", "#ffffff", "#ef3b2c", "#67000d"],}SELECTED_SCHEME = 20CURRENT_COLORS = COLOR_SCHEMES[SELECTED_SCHEME]

第三部分

绘图函数
# =========================================================================================# ====================================== 3. 绘图函数 =========================================# =========================================================================================def draw_single_plot_content(ax, Xi, Yi, Zi, r2, rmse, title_str, bounds, levels):    cf = ax.contourf(Xi,  # X网格                     Yi,  # Y网格                     Zi,  # Z值                     levels=levels,  #分位数分级                     colors=CURRENT_COLORS,  # 使用选定的颜色方案                     )    # 标题放置在图内左上角    ax.text(0.02,            0.98,            title_str,            transform=ax.transAxes,            fontsize=18,            fontweight='bold',            ha='left',            va='top')    #图框设置    for spine in ax.spines.values():        spine.set_visible(True)        spine.set_linewidth(1.5)        spine.set_edgecolor('black')    x_min, x_max = bounds['x']  # X轴范围    y_min, y_max = bounds['y']  # Y轴范围    ax.set_xlim(x_min, x_max)  # 设置X轴的显示范围    ax.set_ylim(y_min, y_max)  # 设置Y轴的显示范围    x_ticks = np.linspace(x_min, x_max, 5)  # 生成均匀分布的X轴刻度    y_ticks = np.linspace(y_min, y_max, 5)  # 生成均匀分布的Y轴刻度    ax.set_xticks(x_ticks)  # 设置X轴刻度位置    ax.set_xticklabels([f"{v:.0f}" for v in x_ticks])  # 设置X轴刻度标签    ax.set_yticks(y_ticks)  # 设置Y轴刻度位置    ax.set_yticklabels([f"{v:.0f}" for v in y_ticks])  # 设置Y轴刻度标签    # 添加网格线    ax.grid(True,            linestyle=':',            alpha=0.3,            color='gray')    # 设置刻度参数    ax.tick_params(axis='both',                   which='major',                   length=0,                   width=0,                   labelsize=18)    return cf

第四部分

数据加载与预处理
# =========================================================================================# ======================================4.执行部分 ========================================# =========================================================================================if __name__ == "__main__":    df = pd.read_excel(r"Data.xlsx")  #读取数据    SAVE_DIR = r"峰值区间"  #结果保存路径    TARGET_COL_NAME = 'Target_CE'  # 目标变量    GROUP_ROW_COL_NAME = 'Income_Group'  # 行分组    GROUP_COL_COL_NAME = 'Climate_Zone'  # 列分组    ANALYSIS_X_COL_NAME = 'BD'  # X轴对应的特征名称    ANALYSIS_Y_COL_NAME = 'BH'  # Y轴对应的特征名称    exclude_cols = [TARGET_COL_NAME, GROUP_ROW_COL_NAME, GROUP_COL_COL_NAME] # 定义需要从特征矩阵中排除的列    feature_cols = [c for c in df.columns if c not in exclude_cols and pd.api.types.is_numeric_dtype(df[c])] # 筛选出所有数值型特征列    print(f"特征: {feature_cols}")    analysis_x_idx = feature_cols.index(ANALYSIS_X_COL_NAME) # 获取X轴特征在特征列表中的索引位置    analysis_y_idx = feature_cols.index(ANALYSIS_Y_COL_NAME) # 获取Y轴特征在特征列表中的索引位置    row_unique_vals = df[GROUP_ROW_COL_NAME].dropna().unique() # 获取行分组列的唯一值(去除空值)    col_unique_vals = df[GROUP_COL_COL_NAME].dropna().unique() # 获取列分组列的唯一值(去除空值)    num_rows = len(row_unique_vals) #计算行数    num_cols = len(col_unique_vals) #计算列数    fig_width = 4 * num_cols #计算图形宽度    fig_height = 3.5 * num_rows #计算图形高度

第五部分

画布创建与轴对象调整
    # 创建画布    fig, axes = plt.subplots(num_rows,                             num_cols,                             figsize=(fig_width, fig_height))    plt.subplots_adjust(hspace=0.25, wspace=0.25)  #调整子图之间的水平和垂直间距    if num_rows == 1 and num_cols == 1: # 如果只有1行1列        axes = np.array([[axes]]) # 将axes包装成二维数组以便统一索引    elif num_rows == 1: # 如果只有1行多列        axes = axes.reshape(1, -1) # 将axes重塑为1行N列的二维数组    elif num_cols == 1: # 如果只有多行1列        axes = axes.reshape(-1, 1) # 将axes重塑为N行1列的二维数组

第六部分

数据提取、数据阈值过滤,按照原文做法避免过度平滑导致结果不确定性,排除了BD和BH值分别处于极高(≥95%)和极低(≤5%)的CE值区间。
for i, row_val in enumerate(row_unique_vals): # 遍历每一个行分组值        for j, col_val in enumerate(col_unique_vals): # 遍历每一个列分组值            ax = axes[i, j] # 获取当前行列对应的子图对象            base_sub_df = df[                (df[GROUP_ROW_COL_NAME] == row_val) &  # 匹配当前行分组值                (df[GROUP_COL_COL_NAME] == col_val)  # 匹配当前列分组值                ]  # 根据当前行列分组条件提取基础数据子集            #计算X轴特征的阈值            x_threshold_low = np.percentile(base_sub_df[ANALYSIS_X_COL_NAME], 5)  #计算第5百分位数            x_threshold_high = np.percentile(base_sub_df[ANALYSIS_X_COL_NAME], 95)  #计算第95百分位数            #计算Y轴特征的阈值            y_threshold_low = np.percentile(base_sub_df[ANALYSIS_Y_COL_NAME], 5)  #计算第5百分位数            y_threshold_high = np.percentile(base_sub_df[ANALYSIS_Y_COL_NAME], 95)  #计算第95百分位数            #样本量检查            if len(sub_df) < 10:  #检查筛选后的样本量是否过少                ax.axis('off')  #如果样本不足,关闭当前子图的坐标轴显示                continue  # 跳过

第七部分

GAM 模型构建与训练
            X_matrix = sub_df[feature_cols].values # 提取特征矩阵数据            Y_target = sub_df[TARGET_COL_NAME].values # 提取目标变量数据            # 坐标轴范围            bounds = {                'x': (sub_df[ANALYSIS_X_COL_NAME].min(), sub_df[ANALYSIS_X_COL_NAME].max()),                'y': (sub_df[ANALYSIS_Y_COL_NAME].min(), sub_df[ANALYSIS_Y_COL_NAME].max())            }            # 划分训练集和测试集            X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X_matrix, Y_target, test_size=0.2, random_state=42)            # GAM模型拟合            gam_terms = te(analysis_x_idx, analysis_y_idx, n_splines=10)            for k in range(len(feature_cols)): # 遍历所有特征列索引                if k != analysis_x_idx and k != analysis_y_idx: # 如果不是X轴或Y轴对应的特征                    gam_terms += s(k) # 为其他特征添加平滑样条项            # 构建并拟合GAM模型            gam = LinearGAM(gam_terms).fit(X_train, y_train)            y_pred_test = gam.predict(X_test) # 在测试集上进行预测            r2 = r2_score(y_test, y_pred_test) # 计算R2            rmse = np.sqrt(mean_squared_error(y_test, y_pred_test)) # RMSE            p_values = gam.statistics_['p_values'] # 获取模型的P值统计信息            interaction_p_value = p_values[0] if len(p_values) > 0 else 1.0 #获取交互项的P值,如果没有则设为1.0

第八部分

网格数据生成与预测
            x_min, x_max = bounds['x'] #X轴边界            y_min, y_max = bounds['y'] #Y轴边界            xi = np.linspace(x_min, x_max, 100) # 在X轴范围内生成100个网格点            yi = np.linspace(y_min, y_max, 100) # 在Y轴范围内生成100个网格点            Xi, Yi = np.meshgrid(xi, yi) # 生成二维网格坐标矩阵            Xi_flat = Xi.ravel() # 将X网格矩阵展平为一维数组            Yi_flat = Yi.ravel() # 将Y网格矩阵展平为一维数组            n_grid = len(Xi_flat) # 获取网格点的总数量            grid_matrix[:, analysis_x_idx] = Xi_flat # 将分析的X特征列替换为网格值            grid_matrix[:, analysis_y_idx] = Yi_flat # 将分析的Y特征列替换为网格值            Zi = gam.predict(grid_matrix).reshape(Xi.shape) # 对网格数据进行预测并重塑为网格形状

第九部分

突出显示极值区域(峰值区间、谷值区间),计算预测值 的 5%、10%、90%、95% 分位数,分为 "极低、低、中等、高、极高" 几个特定的区间。调用前面定义的 函数进行绘制。

            z_flat = Zi.flatten() # 将预测结果Z展平            p05 = np.percentile(z_flat, 5) # 计算第5百分位数            p10 = np.percentile(z_flat, 10) # 计算第10百分位数            p90 = np.percentile(z_flat, 90) # 计算第90百分位数            p95 = np.percentile(z_flat, 95) # 计算第95百分位数            current_levels = sorted(list(set(current_levels))) # 去重并排序分级阈值            if len(current_levels) < 6: # 如果分级数量不足6个(由于数值重复等原因)                current_levels = np.linspace(z_flat.min(), z_flat.max(), 6) # 则线性生成6个分级            is_bottom_row = (i == num_rows - 1) # 判断是否为最后一行            is_left_col = (j == 0) # 判断是否为第一列            title_str = f"{row_val}-{col_val}" # 生成子图标题            # 调用绘图函数绘制子图            draw_single_plot_content(ax, Xi, Yi, Zi, r2, rmse, title_str, bounds, levels=current_levels)            if is_bottom_row: # 如果是最后一行                ax.set_xlabel(ANALYSIS_X_COL_NAME, fontsize=18, fontweight='bold') # 设置X轴标签            if is_left_col: # 如果是第一列                ax.set_ylabel("BH (m)", fontsize=18, fontweight='bold') # 设置Y轴标签

第十部分

自定义图例及组合图保存

   # 在图形上添加一个自定义位置的坐标轴用于放置图例    legend_ax = fig.add_axes([0.12,  #最左侧                              0.90,  #下边界                              0.75,  #该坐标轴的宽度占据画布总宽度                              0.03])  #该坐标轴的高度占据画布总高度    legend_ax.axis('off') # 关闭图例坐标轴的显示    # 定义图例信息列表    legend_info = [        (CURRENT_COLORS[4], "95~100%"),        (CURRENT_COLORS[3], "90~95%"),        (CURRENT_COLORS[0], "0~5%"),        (CURRENT_COLORS[1], "5~10%")    ]    start_x = 0.015# 图例起始X坐标    for idx, (color, label) in enumerate(legend_info): # 遍历图例信息        # 添加图例文本        legend_ax.text(start_x + idx * 0.24 + 0.12,  #X轴坐标                       0.02,  #Y坐标                       label,  #标签文本                       transform=legend_ax.transAxes,  #坐标系                       fontsize=24,  #字体大小                       va='bottom',  #垂直对齐方式                       fontweight='bold')  #加粗

如何应用到你自己的数据

1.设置颜色方案:

SELECTED_SCHEME = 20

2.设置原始数据文件路径:

df = pd.read_excel(r"Data.xlsx")  #读取数据

3.设置子图的保存路径:

SAVE_DIR = r"峰值区间"  #结果保存路径

4.定义目标变量:

TARGET_COL_NAME = 'Target_CE'  # 目标变量

5.定义区域列以及条件列,就是组合如图的行、列:

GROUP_ROW_COL_NAME = 'Income_Group'  # 行分组GROUP_COL_COL_NAME = 'Climate_Zone'  # 列分组

6.定义要分析的特征,就是x、y轴:

ANALYSIS_X_COL_NAME = 'BD'  # X轴对应的特征名称ANALYSIS_Y_COL_NAME = 'BH'  # Y轴对应的特征名称

7.设置组合图的保存路径:

plt.savefig(fr"Analysis_Result_Scheme{SELECTED_SCHEME}.png",dpi=300, bbox_inches='tight')plt.savefig(fr"Analysis_Result_Scheme{SELECTED_SCHEME}.pdf",bbox_inches='tight')

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